PDB-1zvp: Crystal Structure of a Protein of Unknown Function VC0802 from Vi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zvp

タイトル

Crystal Structure of a Protein of Unknown Function VC0802 from Vibrio cholerae, Possible Transport Protein

要素

hypothetical protein VC0802

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Vibrio cholerae / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate kinase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhang, R. / Wu, R. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a hypothetical protein VC0802 from Vibrio cholerae
著者: Zhang, R. / Wu, R. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2005年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zvp.cif.gz	111.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zvp.ent.gz	88.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zvp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zvp_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zvp_full_validation.pdf.gz	459.7 KB	表示
XML形式データ	1zvp_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	1zvp_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/1zvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/1zvp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5x2b-10 1cg6-d 1ls6-d 1g0f-d 4gra-1 4jvl-1 2fov-d 1cb0-d 1gx3-1 3w4s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC26400

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein VC0802

B: hypothetical protein VC0802

C: hypothetical protein VC0802

D: hypothetical protein VC0802

56.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein VC0802

D: hypothetical protein VC0802

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: hypothetical protein VC0802

C: hypothetical protein VC0802

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.224, 99.561, 163.433
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

This protein existed as dimer. MolA+MolD, MolB+MolC are two dimers in asymmetric unit.

#1: タンパク質	hypothetical protein VC0802 分子量: 14155.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: GI:9655251 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 9655251, UniProt: Q9KTT6*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

hypothetical protein VC0802

分子量: 14155.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: GI:9655251 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 9655251, UniProt: Q9KTT6*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.257 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.78 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 45% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月21日 / 詳細: mirriors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 40583 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.11 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 17.44
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique all: 7744 / % possible all: 72.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→81.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 21.114 / SU ML: 0.237 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.188
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24643	1953	5 %	RANDOM
R_work	0.21404	-	-	-
obs	0.21573	37076	96.27 %	-
all	-	38512	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.146 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.41 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.25 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→81.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3868	0	0	322	4190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.327	1.978	5324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.143	5	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.287	25.987	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.767	15	663
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.433	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	2658
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.147	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.656	1.5	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.215	2	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.288	3	1462
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.3	4.5	1286

LS精密化シェル

解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.407	115	-
R_work	0.384	2062	-
obs	-	-	73.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.521 Å / Origin y: 30.415 Å / Origin z: 61.612 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0983 Å²	0.125 Å²	-0.0192 Å²	-	-0.0184 Å²	0.0262 Å²	-	-	-0.1388 Å²
L	1.9116 °²	-1.6512 °²	-0.6938 °²	-	2.3107 °²	0.7953 °²	-	-	0.2952 °²
S	0.0307 Å °	0.0109 Å °	0.0106 Å °	-0.0318 Å °	-0.0096 Å °	-0.0224 Å °	-0.0214 Å °	-0.0005 Å °	-0.021 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 68	3 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	69 - 131	70 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	2 - 68	3 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	69 - 131	70 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	0 - 68	1 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	69 - 129	70 - 130
7	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	1 - 68	2 - 69
8	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	69 - 131	70 - 132

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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