PDB-1zvf: The crystal structure of 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zvf

タイトル

The crystal structure of 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase from Saccharomyces cerevisiae

要素

3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / jellyroll beta-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

quinolinate metabolic process / Tryptophan catabolism / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase activity / quinolinate biosynthetic process / anthranilate metabolic process / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / ferrous iron binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Li, X. / Guo, M. / Teng, M. / Niu, L.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: The crystal structure of 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase from Saccharomyces cerevisiae
著者: Li, X. / Guo, M. / Teng, M. / Niu, L.

履歴

登録	2005年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zvf.cif.gz	83.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zvf.ent.gz	62.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zvf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/1zvf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/1zvf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6x11-1 6vib-1 4hsj-1 6d60-1 6d61-1 6via-1 4l2n-2 1yfx-1 6bvq-1 6cd3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase

B: 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase

ヘテロ分子

40.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.104, 66.195, 130.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase / 3-HAO / 3- hydroxyanthranilic acid dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate oxygenase / Biosynthesis of ...3-HAO / 3- hydroxyanthranilic acid dioxygenase / 3-hydroxyanthranilate oxygenase / Biosynthesis of nicotinic acid protein 1 分子量: 20187.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pET28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P47096, 3-hydroxyanthranilate 3,4-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG4000, 0.2M NaAc, 0.1M Tris_HCl, pH 8.5, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: A1 / 波長: 0.979, 0.9798, 0.9802, 0.9500

検出器

検出器: CCD

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.9798	1
3	0.9802	1
4	0.95	1

Reflection

D res high: 2.4 Å / D res low: 30 Å

冗長度 (%)	ID	数	R_merge(I) obs	Χ²	% possible obs
12.3	1	13576	0.082	1.044	93.2
12.4	2	13806	0.076	1.003	93.7
12.2	3	13655	0.076	0.974	93

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.49	30	99.3	1	0.065	0.726	11.6
5.16	6.49	99.9	1	0.065	1.018	13.1
4.51	5.16	100	1	0.055	1	13.2
4.1	4.51	99.9	1	0.056	0.986	13.4
3.81	4.1	100	1	0.063	1.079	13.5
3.58	3.81	100	1	0.067	1.097	13.6
3.4	3.58	100	1	0.077	1.054	13.6
3.26	3.4	100	1	0.088	1.066	13.6
3.13	3.26	99.9	1	0.105	1.113	13.4
3.02	3.13	99.7	1	0.128	1.08	13.3
2.93	3.02	99.2	1	0.135	1.08	12.9
2.85	2.93	98.2	1	0.179	1.072	12.5
2.77	2.85	97.5	1	0.175	1.099	12.1
2.7	2.77	91.8	1	0.19	1.024	11.7
2.64	2.7	91.4	1	0.234	1.095	11.2
2.59	2.64	86.1	1	0.246	1.044	10.9
2.53	2.59	81.9	1	0.21	1.08	10
2.49	2.53	76.5	1	0.229	1.072	9.9
2.44	2.49	72.5	1	0.222	1.073	9.8
2.4	2.44	67.9	1	0.244	1.111	9.2
6.49	30	99.3	2	0.056	0.618	11.7
5.16	6.49	100	2	0.055	0.99	13.2
4.51	5.16	100	2	0.049	1.053	13.4
4.1	4.51	99.9	2	0.052	1.001	13.5
3.81	4.1	100	2	0.06	1.05	13.7
3.58	3.81	100	2	0.065	1.025	13.7
3.4	3.58	100	2	0.074	1.009	13.7
3.26	3.4	100	2	0.088	1.027	13.8
3.13	3.26	99.9	2	0.101	1.027	13.5
3.02	3.13	99.7	2	0.126	1.046	13.4
2.93	3.02	99.9	2	0.143	0.964	12.9
2.85	2.93	98	2	0.177	1.028	12.6
2.77	2.85	96.6	2	0.186	1.049	12.5
2.7	2.77	93.2	2	0.202	1.02	11.9
2.64	2.7	92.6	2	0.265	1.108	11.2
2.59	2.64	88.4	2	0.256	0.999	10.9
2.53	2.59	84	2	0.239	1.051	10.2
2.49	2.53	78.5	2	0.234	0.999	9.8
2.44	2.49	73	2	0.235	1.048	9.7
2.4	2.44	67.6	2	0.283	1.032	9.2
6.49	30	99.4	3	0.053	0.446	11.6
5.16	6.49	100	3	0.054	1.069	13.1
4.51	5.16	100	3	0.049	1.009	13.3
4.1	4.51	99.9	3	0.052	0.997	13.4
3.81	4.1	100	3	0.059	1.032	13.5
3.58	3.81	100	3	0.065	1.009	13.6
3.4	3.58	100	3	0.075	0.998	13.5
3.26	3.4	100	3	0.085	0.975	13.5
3.13	3.26	99.9	3	0.1	1.006	13.4
3.02	3.13	99.7	3	0.123	1.006	13.1
2.93	3.02	99.3	3	0.139	0.939	12.7
2.85	2.93	97.7	3	0.177	1.042	12.4
2.77	2.85	96.1	3	0.178	1.021	12.2
2.7	2.77	92	3	0.193	1.008	11.6
2.64	2.7	89.7	3	0.242	0.997	11.2
2.59	2.64	85.9	3	0.252	0.976	10.8
2.53	2.59	81.9	3	0.239	1.025	10.1
2.49	2.53	74.9	3	0.222	1.033	9.8
2.44	2.49	74.6	3	0.233	0.98	9.4
2.4	2.44	66.9	3	0.273	0.955	8.9

反射

解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 13576 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 1.044

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Χ²
2.4-2.44	67.9	9.2	0.244	489	1.111
2.44-2.49	72.5	9.8	0.222	496	1.073
2.49-2.53	76.5	9.9	0.229	556	1.072
2.53-2.59	81.9	10	0.21	582	1.08
2.59-2.64	86.1	10.9	0.246	603	1.044
2.64-2.7	91.4	11.2	0.234	663	1.095
2.7-2.77	91.8	11.7	0.19	660	1.024
2.77-2.85	97.5	12.1	0.175	676	1.099
2.85-2.93	98.2	12.5	0.179	724	1.072
2.93-3.02	99.2	12.9	0.135	708	1.08
3.02-3.13	99.7	13.3	0.128	720	1.08
3.13-3.26	99.9	13.4	0.105	715	1.113
3.26-3.4	100	13.6	0.088	733	1.066
3.4-3.58	100	13.6	0.077	707	1.054
3.58-3.81	100	13.6	0.067	740	1.097
3.81-4.1	100	13.5	0.063	742	1.079
4.1-4.51	99.9	13.4	0.056	732	0.986
4.51-5.16	100	13.2	0.055	757	1
5.16-6.49	99.9	13.1	0.065	748	1.018
6.49-30	99.3	11.6	0.065	825	0.726

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.41→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 20.444 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.939 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2675	976	7.3 %	RANDOM
R_work	0.21672	-	-	-
all	0.223	-	-	-
obs	0.2203	12470	93.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.372 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	9.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2810	0	4	60	2874

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	2882
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	1.953	3914
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.263	5	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.572	25.139	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.292	15	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.812	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.247	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.137	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.154	1.5	1788
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.808	2	2847
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.535	3	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.36	4.5	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.406→2.534 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	106	-
R_work	0.279	1368	-
obs	-	-	72.58 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)