PDB-1zug: STRUCTURE OF PHAGE 434 CRO PROTEIN, NMR, 20 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zug

タイトル

STRUCTURE OF PHAGE 434 CRO PROTEIN, NMR, 20 STRUCTURES

要素

PHAGE 434 CRO PROTEIN

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATION / GENE REGULATING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Phage 434 (ファージ)

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY MOLECULAR DYNAMICS

データ登録者

Padmanabhan, S. / Jimenez, M.A. / Gonzalez, C. / Sanz, J.M. / Gimenez-Gallego, G. / Rico, M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Three-dimensional solution structure and stability of phage 434 Cro protein.
著者: Padmanabhan, S. / Jimenez, M.A. / Gonzalez, C. / Sanz, J.M. / Gimenez-Gallego, G. / Rico, M.

履歴

登録	1997年3月14日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1997年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zug.cif.gz	266.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zug.ent.gz	221.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zug.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zug_validation.pdf.gz	357.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zug_full_validation.pdf.gz	479.5 KB	表示
XML形式データ	1zug_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	1zug_validation.cif.gz	40 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/1zug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/1zug	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1mbj-d 1f0z-d 2k4p-d 1ubq-d 5ob1-d 5vab-d 2bwf-2 1ywp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: PHAGE 434 CRO PROTEIN

8.08 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20
代表モデル

#1: タンパク質	PHAGE 434 CRO PROTEIN 分子量: 8076.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phage 434 (ファージ) / 属: Lambda-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage lambda 解説: THE PLASMID WAS A GIFT FROM THE LABORATORY OF PROFESSOR STEVE HARRISON (HARVARD UNIVERSITY) プラスミド: PRW74 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03036

#1: タンパク質

PHAGE 434 CRO PROTEIN

分子量: 8076.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Phage 434 (ファージ) / 属: Lambda-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage lambda
解説: THE PLASMID WAS A GIFT FROM THE LABORATORY OF PROFESSOR STEVE HARRISON (HARVARD UNIVERSITY)
プラスミド: PRW74 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03036

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	COSY

-
試料調製

試料状態	pH: 6 / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX 600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX 600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
GROMOS		BERENDSEN	精密化
DIANA, GROMOS	GROMOS		構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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