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- PDB-1ztx: West Nile Virus Envelope Protein DIII in complex with neutralizin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ztx
タイトルWest Nile Virus Envelope Protein DIII in complex with neutralizing E16 antibody Fab
要素
  • Envelope protein
  • Heavy Chain of E16 Antibody
  • Light Chain of E16 Antibody
キーワードViral protein/Immune system / Antibody / Fab / neutralizing / Virus / Envelope / Viral protein-Immune system COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope protein E
類似検索 - 構成要素
生物種West Nile virus (西ナイルウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nybakken, G.E. / Oliphant, T. / Diamond, M.S. / Fremont, D.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structural basis of West Nile virus neutralization by a therapeutic antibody.
著者: Nybakken, G.E. / Oliphant, T. / Johnson, S. / Burke, S. / Diamond, M.S. / Fremont, D.H.
履歴
登録2005年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE The sequences of the chains H and L were not deposited into any sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Envelope protein
H: Heavy Chain of E16 Antibody
L: Light Chain of E16 Antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1413
ポリマ－58,1413
非ポリマー00
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.400, 83.300, 110.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Envelope protein


分子量: 11391.870 Da / 分子数: 1 / 断片: Domain III (residues 463-568) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) West Nile virus (西ナイルウイルス)
属: Flavivirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91KZ4
#2: 抗体 Heavy Chain of E16 Antibody


分子量: 23358.928 Da / 分子数: 1 / 断片: VH and CH1 Domains / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Light Chain of E16 Antibody


分子量: 23389.871 Da / 分子数: 1 / 断片: VL and CL Domains / 由来タイプ: 天然
詳細: The Heavy chain and light chain were made from a mouse hybridoma
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, Glycine, Hepes, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.55 Å
検出器タイプ: BRUKER PROTEUM / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月5日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.55 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.32 Å / Num. all: 16985 / Num. obs: 16985 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.53 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 11.3 / Scaling rejects: 453
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible obs: 82.7 % / 冗長度: 1.99 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. measured obs: 453 / Χ2: 0.99 / % possible all: 82.7

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å47.35 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.2LDzデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1S6N, 2IGF

1s6n

2igf


解像度: 2.5→50 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 817 4.9 %Random
Rwork0.208 ---
all0.221 16985 --
obs0.226 16752 96.4 %-
溶媒の処理Bsol: 45.345 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 32.661 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.236 Å20 Å20 Å2
2--2.312 Å20 Å2
3---2.924 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4040 0 0 256 4296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.041
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 60 -
Rwork0.256 --
obs-1330 78 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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