ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB REFMAC5.2.0005精密化 Show SCALAデータスケーリング Show MOSFLMデータ削減 CCP4(SCALA)データスケーリング PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : pdb entry 1vpy解像度 : 3.1→73.13 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.934 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.91 / SU B : 27.071 / SU ML : 0.202 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 3.517 / ESU R Free : 0.353 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOODRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.224 975 5.2 % RANDOM Rwork 0.191 - - - all 0.193 - - - obs 0.19257 17862 100 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso mean : 77.153 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.99 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -1.31 Å2 0 Å2 3- - - 2.3 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 3.1→73.13 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4419 0 2 12 4433
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 25) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.011 0.022 4542 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.002 0.02 3939 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg0.647 1.936 6189 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.539 3 9134 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg4.42 5 552 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg31.674 24.693 228 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg11.289 15 703 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg9.97 15 18 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.059 0.2 664 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.02 5128 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 954 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.201 0.3 1037 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_other0.171 0.3 4205 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.188 0.5 2277 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_other0.084 0.5 2411 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.186 0.5 173 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_other0.06 0.5 1 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.12 0.3 8 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_other0.125 0.3 31 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.248 0.5 1 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.809 3 2837 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other0.147 3 1108 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.376 5 4461 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.268 8 1976 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it3.46 11 1728
Refine LS restraints NCS Dom-ID : 1 / Auth asym-ID : A / Ens-ID : 1 / 数 : 4094 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
タイプ Rms dev position (Å)Weight position MEDIUM POSITIONAL0.33 0.5 MEDIUM THERMAL0.29 2
LS精密化 シェル 解像度 : 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.336 89 - Rwork 0.312 1284 - obs - - 100 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 2.5478 0.196 -0.2871 2.2581 -0.9386 1.8623 0.059 -0.446 -0.5397 0.0979 -0.3575 -0.2372 -0.0143 0.2078 0.2985 -0.2483 0.0111 -0.0962 -0.0228 0.156 -0.2689 19.1 -23.483 -2.086 2 2.4218 -0.0592 0.1672 2.7588 0.0695 2.1684 -0.0647 0.1395 0.2434 -0.4757 -0.0565 0.3392 -0.173 0.0445 0.1212 -0.0341 0.0865 -0.1341 -0.2254 0.0273 -0.4295 0.826 -5.497 -27.813
精密化 TLSグループ Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Selection : all
ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Label asym-ID Auth seq-ID Label seq-ID 1 1 AA-3 - 275 9 - 287 2 2 BB1 - 270 13 - 282