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万見
- PDB-1ztm: Structure of the Uncleaved Paramyxovirus (hPIV3) Fusion Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ztm
タイトルStructure of the Uncleaved Paramyxovirus (hPIV3) Fusion Protein
要素Fusion glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / fusion protein / 6-helix bundle / trimer / post-fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2480 / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Newcastle disease virus like domain / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / YojJ-like / Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Helix Hairpins / Immunoglobulin-like / Beta Barrel ...Helix Hairpins - #2480 / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / Newcastle disease virus like domain / Head and neck region of the ectodomain of NDV fusion glycoprotein / YojJ-like / Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Helix Hairpins / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human parainfluenza virus 3 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Yin, H.S. / Paterson, R.G. / Wen, X. / Lamb, R.A. / Jardetzky, T.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structure of the uncleaved ectodomain of the paramyxovirus (hPIV3) fusion protein
著者: Yin, H.S. / Paterson, R.G. / Wen, X. / Lamb, R.A. / Jardetzky, T.S.
履歴
登録2005年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein
B: Fusion glycoprotein
C: Fusion glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,1765
ポリマ－162,7343
非ポリマー4422
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31210 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area52280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.560, 122.170, 195.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein


分子量: 54244.500 Da / 分子数: 3 / 変異: R106S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human parainfluenza virus 3 (ウイルス)
属: Respirovirus / 株: WASH-47885-57 / 遺伝子: F / プラスミド: pBacgus-11 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P06828
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3000, Tris, NaCl, sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 5ID-B10.9999
シンクロトロンAPS 32-ID20.9999
検出器
タイプID検出器
MARRESEARCH1CCD
2
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→30.02 Å / Num. all: 48676 / Num. obs: 48676 / 冗長度: 10.4 %
反射 シェル解像度: 3.05→3.21 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALAデータスケーリング
直接法モデル構築
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.05→30.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2204785.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2365 4.9 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 48675 99.5 %-
all-48675 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.9878 Å2 / ksol: 0.273807 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.57 Å20 Å20 Å2
2--42.19 Å20 Å2
3----24.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.68 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→30.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9403 0 28 1 9432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it6.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it9.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.232.5
LS精密化 シェル解像度: 3.05→3.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 395 5 %
Rwork0.335 7577 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION3water.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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