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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zth | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of A.fulgidus Rio1 serine protein kinase bound to ADP and Manganese ion | ||||||
![]() | Rio1 serine protein kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / protein Kinase / ribosome biogenesis / rRNA / ADP / manganese | ||||||
機能・相同性 | ![]() histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity ...histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / hydrolase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wlodawer, A. / LaRonde-LeBlanc, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and activity of the atypical serine kinase Rio1. 著者: Laronde-Leblanc, N. / Guszczynski, T. / Copeland, T. / Wlodawer, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 231.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 183.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30653.500 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: PEG 4000, MES, Ammonium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→30 Å / Num. all: 81701 / Num. obs: 78499 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.147 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.939 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / % possible all: 79.58 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ZTF 解像度: 1.89→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 3.807 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.063 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.219 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20
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