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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zsx | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Human Potassium Channel Kv Beta-subunit (KCNAB2) | ||||||
![]() | Voltage-gated potassium channel beta-2 subunit | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Potassium Channel / Kv Beta-subunit / human / aldo-keto reductase / Structural Genomics / SGC / Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | ![]() pinceau fiber / regulation of action potential / NADPH oxidation / regulation of protein localization to cell surface / aldo-keto reductase (NADPH) activity / Voltage gated Potassium channels / juxtaparanode region of axon / regulation of potassium ion transmembrane transport / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / voltage-gated potassium channel activity ...pinceau fiber / regulation of action potential / NADPH oxidation / regulation of protein localization to cell surface / aldo-keto reductase (NADPH) activity / Voltage gated Potassium channels / juxtaparanode region of axon / regulation of potassium ion transmembrane transport / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / voltage-gated potassium channel activity / tertiary granule membrane / potassium channel regulator activity / specific granule membrane / voltage-gated potassium channel complex / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / cytoplasmic side of plasma membrane / transmembrane transporter binding / cytoskeleton / synapse / Neutrophil degranulation / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wennerstrand, P. / Johannsson, I. / Ugochukwu, E. / Kavanagh, K. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Williams, L. / Sundstrom, M. / Guo, K. / von Delft, F. ...Wennerstrand, P. / Johannsson, I. / Ugochukwu, E. / Kavanagh, K. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Williams, L. / Sundstrom, M. / Guo, K. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure Of Human Potassium Channel Kv Beta-subunit (KCNAB2) 著者: Wennerstrand, P. / Johannsson, I. / Ugochukwu, E. / Kavanagh, K. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Williams, L. / Sundstrom, M. / Guo, K. / von Delft, F. / Oppermann, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 772.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 773.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1qrqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
| x 8||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38901.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-NAP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG300, sodium/potassium phosphate, sodium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→44.3 Å / Num. obs: 36582 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1QRQ.pdb 解像度: 1.9→44.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 4.821 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.597 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 7.0447 Å / Origin y: -30.3171 Å / Origin z: 19.233 Å
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