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- PDB-1zqz: DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zqz
タイトルDNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (50 MILLIMOLAR)
要素DNA POLYMERASE BETA
キーワードNUCLEOTIDYLTRANSFERASE / DNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / DNA REPLICATION / DNA REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ ...Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / somatic diversification of immunoglobulins / Ub-specific processing proteases / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / salivary gland morphogenesis / spleen development / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / spindle microtubule / response to gamma radiation / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / neuron apoptotic process / response to ethanol / DNA replication / in utero embryonic development / microtubule / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / inflammatory response / DNA damage response / apoptotic process / enzyme binding / protein-containing complex / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain ...Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / Beta Polymerase, domain 2 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA polymerase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pelletier, H. / Sawaya, M.R.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Characterization of the metal ion binding helix-hairpin-helix motifs in human DNA polymerase beta by X-ray structural analysis.
著者: Pelletier, H. / Sawaya, M.R.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Human DNA Polymerase Beta Complexed with Nicked and Gapped DNA Substrates
著者: Sawaya, M.R. / Rawson, T. / Wilson, S.H. / Kraut, J. / Pelletier, H.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: The Role of Thumb Movement and Template Bending in Polymerase Fidelity
著者: Pelletier, H.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystal Structures of Human DNA Polymerase Beta Complexed with DNA; Implications for Catalytic Mechanism, Processivity, and Fidelity
著者: Pelletier, H. / Sawaya, M.R. / Wolfle, W. / Wilson, S.H. / Kraut, J.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: A Structural Basis for Metal Ion Mutagenicity and Nucleotide Selectivity in Human DNA Polymerase Beta
著者: Pelletier, H. / Sawaya, M.R. / Wolfle, W. / Wilson, S.H. / Kraut, J.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Characterization of the Metal Ion-Binding HHH Motifs in Human DNA Polymerase Beta by X-Ray Structural Analysis
著者: Pelletier, H. / Sawaya, M.R.
#6: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Polymerase Structures and Mechanism
著者: Pelletier, H.
#7: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Structures of Ternary Complexes of Rat DNA Polymerase Beta, a DNA Template-Primer, and ddCTP
著者: Pelletier, H. / Sawaya, M.R. / Kumar, A. / Wilson, S.H. / Kraut, J.
#8: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta: Evidence for a Common Polymerase Mechanism
著者: Sawaya, M.R. / Pelletier, H. / Kumar, A. / Wilson, S.H. / Kraut, J.
履歴
登録1996年4月19日処理サイト: BNL
改定 1.01996年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8843
ポリマ－28,7751
非ポリマー1102
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.565, 62.728, 37.458
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-441-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE BETA


分子量: 28774.527 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (50 MILLIMOLAR) / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: POL / 遺伝子 (発現宿主): POL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06766, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細PLEASE NOTE THAT THIS ENTRY IS ONLY THE 31 KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335) AND THE N-TERMINAL 8 KD ...PLEASE NOTE THAT THIS ENTRY IS ONLY THE 31 KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335) AND THE N-TERMINAL 8 KD DOMAIN IS NOT PRESENT IN THIS STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 7.5
詳細: THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION ...詳細: THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% TRIS-HCL, 100 MILLIMOLAR, PH 7.5 MNCL2, 50 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115-17 %PEG33501reservoir
20.1 Mcitrate1reservoir
350 mM1reservoiror 50mM Li2SO4NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年1月10日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 7763 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.211 / % possible all: 84
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84 % / Rmerge(I) obs: 0.211

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5-D精密化
SDMSデータ削減
SDMSデータスケーリング
TNTV. 5-D位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: 1ZQU

1zqu


解像度: 2.7→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: STANDARD TNT /
反射数%反射
obs7763 95 %
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS AND KRETSINGER (STANDARD TNT) / Bsol: 113.3 Å2 / ksol: 0.741 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1935 0 2 102 2039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02119770.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.926553
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d22.21190
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.019540.02
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0082870.02
X-RAY DIFFRACTIONt_it6.219776
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0331470.02
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5-D / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.202
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg22.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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