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- PDB-1zpu: Crystal Structure of Fet3p, a Multicopper Oxidase that Functions ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zpu
タイトルCrystal Structure of Fet3p, a Multicopper Oxidase that Functions in Iron Import
要素Iron transport multicopper oxidase FET3
キーワードOXIDOREDUCTASE / multicopper oxidase / ferroxidase / iron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


high-affinity iron permease complex / iron ion import across cell outer membrane / arsenate ion transmembrane transport / reductive iron assimilation / oxidoreductase activity, acting on metal ions, oxygen as acceptor / cuproxidase / cellular response to iron ion starvation / iron ion transmembrane transport / fungal-type vacuole / response to copper ion ...high-affinity iron permease complex / iron ion import across cell outer membrane / arsenate ion transmembrane transport / reductive iron assimilation / oxidoreductase activity, acting on metal ions, oxygen as acceptor / cuproxidase / cellular response to iron ion starvation / iron ion transmembrane transport / fungal-type vacuole / response to copper ion / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular copper ion homeostasis / intracellular iron ion homeostasis / copper ion binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Iron transport multicopper oxidase Fet3-like, the second Cupredoxin domain / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase ...Iron transport multicopper oxidase Fet3-like, the second Cupredoxin domain / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / Iron transport multicopper oxidase FET3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Stoj, C.S. / Ziegler, L. / Kosman, D.J. / Hart, P.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: The copper-iron connection in biology: Structure of the metallo-oxidase Fet3p.
著者: Taylor, A.B. / Stoj, C.S. / Ziegler, L. / Kosman, D.J. / Hart, P.J.
履歴
登録2005年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Iron transport multicopper oxidase FET3
B: Iron transport multicopper oxidase FET3
C: Iron transport multicopper oxidase FET3
D: Iron transport multicopper oxidase FET3
E: Iron transport multicopper oxidase FET3
F: Iron transport multicopper oxidase FET3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)398,63093
ポリマ－365,1556
非ポリマー33,47587
水00
1
A: Iron transport multicopper oxidase FET3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,71116
ポリマ－60,8591
非ポリマー5,85215
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Iron transport multicopper oxidase FET3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,71116
ポリマ－60,8591
非ポリマー5,85215
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Iron transport multicopper oxidase FET3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,87416
ポリマ－60,8591
非ポリマー6,01415
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Iron transport multicopper oxidase FET3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,12515
ポリマ－60,8591
非ポリマー5,26614
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Iron transport multicopper oxidase FET3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,28715
ポリマ－60,8591
非ポリマー5,42814
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Iron transport multicopper oxidase FET3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,92215
ポリマ－60,8591
非ポリマー5,06314
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.534, 168.534, 174.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 22 - 550 / Label seq-ID: 1 - 529

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

-
要素

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 30分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Iron transport multicopper oxidase FET3


分子量: 60859.156 Da / 分子数: 6 / 断片: Fet3p ectodomain (residues 22-555) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: FET3 / プラスミド: pDY148 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): M2* / 参照: UniProt: P38993, 酸化還元酵素
#9: 化合物...
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu

-
糖 , 7種, 63分子

#2: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium citrate, HEPES, ethylene glycol, ethanol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM11.37837
シンクロトロンAPS 19-BM21.37837, 1.37944, 1.34766
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2004年8月20日
CUSTOM-MADE2CCD2004年8月20日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.378371
21.379441
31.347661
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 136782 / Num. obs: 136782 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 68.6 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 20049 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 35.47 / SU ML: 0.299 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic (NCS-restrained) / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.829 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25742 6726 5 %RANDOM
Rwork0.22563 ---
all0.22721 127444 --
obs0.22721 127444 98.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.824 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.46 Å2-2.23 Å20 Å2
2---4.46 Å20 Å2
3---6.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25524 0 2135 0 27659
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02128521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4112.01439203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.87853168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.03425.3881392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.709153996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4431566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.24715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0221032
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.211921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.219117
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2893
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.040.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2550.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2490.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1951.516133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.366225878
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.775313747
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.334.513325
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2116tight positional0.030.05
2B2116tight positional0.030.05
3C2116tight positional0.030.05
4D2116tight positional0.020.05
5E2116tight positional0.020.05
6F2116tight positional0.020.05
1A2138medium positional0.250.5
2B2138medium positional0.240.5
3C2138medium positional0.260.5
4D2138medium positional0.230.5
5E2138medium positional0.270.5
6F2138medium positional0.270.5
1A2116tight thermal0.050.5
2B2116tight thermal0.050.5
3C2116tight thermal0.040.5
4D2116tight thermal0.040.5
5E2116tight thermal0.030.5
6F2116tight thermal0.030.5
1A2138medium thermal0.452
2B2138medium thermal0.42
3C2138medium thermal0.362
4D2138medium thermal0.312
5E2138medium thermal0.292
6F2138medium thermal0.312
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 474 -
Rwork0.345 9614 -
obs-9614 99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.64960.54240.47362.97750.37361.5999-0.1617-0.21070.51620.010.0504-0.2873-0.2274-0.02910.1113-0.35990.00780.0088-0.3932-0.0033-0.489385.7603108.093383.493
23.0040.1894-0.06614.3162-0.18511.82840.1733-0.1151-0.26930.0992-0.1483-0.0408-0.05430.158-0.025-0.367-0.00350.0094-0.3625-0.0585-0.563951.203466.648656.5513
33.4885-0.6155-0.20063.150.85821.66190-0.028-0.06240.4407-0.24620.8850.3053-0.2630.2462-0.2986-0.07420.1551-0.2739-0.1549-0.204133.4823115.3236111.977
44.18950.82670.58783.2973-0.07612.4461-0.0151-0.46310.012-0.04160.2017-0.2522-0.0993-0.569-0.1866-0.2895-0.06960.2555-0.01870.1303-0.19791.825459.763188.6462
52.8660.2245-0.10032.9662-0.75021.98060.1856-0.4224-1.3221-0.035-0.0556-0.43630.00190.4223-0.13-0.2216-0.05350.1443-0.17660.07820.911552.57568.2173144.5667
67.4528-1.7199-4.09313.12981.52484.95140.39060.64581.84090.79940.4816-0.13590.5177-0.5423-0.8722-0.0340.0649-0.1428-0.12880.29620.514632.218918.5784118.6425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 550
2X-RAY DIFFRACTION2B22 - 550
3X-RAY DIFFRACTION3C22 - 550
4X-RAY DIFFRACTION4D22 - 550
5X-RAY DIFFRACTION5E22 - 550
6X-RAY DIFFRACTION6F22 - 550

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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