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- PDB-1zok: PDZ1 Domain Of Synapse Associated Protein 97 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zok
タイトルPDZ1 Domain Of Synapse Associated Protein 97
要素Presynaptic protein SAP97
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PDZ / PDZ1 / SAP97 / Synapse Associated Protein 97 / Beta Strand / Helix
機能・相同性
機能・相同性情報


tissue morphogenesis / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / L27 domain binding / regulation of potassium ion export across plasma membrane / MPP7-DLG1-LIN7 complex / membrane raft organization / reproductive structure development / hard palate development / establishment of centrosome localization ...tissue morphogenesis / regulation of protein localization to synapse / regulation of potassium ion import / L27 domain binding / regulation of potassium ion export across plasma membrane / MPP7-DLG1-LIN7 complex / membrane raft organization / reproductive structure development / hard palate development / establishment of centrosome localization / negative regulation of p38MAPK cascade / embryonic skeletal system morphogenesis / structural constituent of postsynaptic density / astral microtubule organization / epithelial structure maintenance / immunological synapse formation / myelin sheath abaxonal region / lateral loop / receptor localization to synapse / peristalsis / cell projection membrane / cortical microtubule organization / smooth muscle tissue development / paranode region of axon / bicellular tight junction assembly / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of potassium ion transport / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / node of Ranvier / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / protein-containing complex localization / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / Synaptic adhesion-like molecules / amyloid precursor protein metabolic process / RAF/MAP kinase cascade / ureteric bud development / endothelial cell proliferation / lens development in camera-type eye / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of myelination / cortical actin cytoskeleton organization / receptor clustering / positive regulation of actin filament polymerization / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / kinesin binding / microvillus / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / immunological synapse / basement membrane / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / postsynaptic density, intracellular component / lateral plasma membrane / bicellular tight junction / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / phosphatase binding / potassium channel regulator activity / negative regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / ionotropic glutamate receptor binding / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / T-tubule / actin filament polymerization / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / basal plasma membrane / regulation of membrane potential / T cell activation / actin filament organization / protein localization to plasma membrane / synaptic membrane / PDZ domain binding / positive regulation of protein localization to plasma membrane / postsynaptic density membrane / neuromuscular junction / cerebral cortex development / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell-cell adhesion / cytoplasmic side of plasma membrane / synaptic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell junction / protein localization / cell junction / regulation of protein localization / presynaptic membrane / regulation of cell shape / basolateral plasma membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / microtubule / cell population proliferation / molecular adaptor activity / postsynaptic density / cell adhesion / neuron projection / membrane raft / apical plasma membrane / neuronal cell body / glutamatergic synapse
類似検索 - 分子機能
L27-1 / L27_1 / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors ...L27-1 / L27_1 / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / Disks large homologue 1, N-terminal PEST domain / Polyubiquitination (PEST) N-terminal domain of MAGUK / PDZ-associated domain of NMDA receptors / PDZ-associated domain of NMDA receptors / Disks large 1-like / : / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / SH3 domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Disks large homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Wang, L. / Piserchio, A. / Mierke, D.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural Characterization of the Intermolecular Interactions of Synapse-associated Protein-97 with the NR2B Subunit of N-Methyl-D-aspartate Receptors.
著者: Wang, L. / Piserchio, A. / Mierke, D.F.
履歴
登録2005年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Presynaptic protein SAP97


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0891
ポリマ－10,0891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Presynaptic protein SAP97 / Synapse-associated protein 97 / SAP-97 / Discs / large homolog 1


分子量: 10089.323 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ1 domain (residues 221-313) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62696

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 3D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 1mM C13-N15 PDZ1 of SAP97 in 20mM phosphate buffer, 10% D2O, 90% H2O
溶媒系: 10% D2O, 90% H2O
試料状態イオン強度: No salt / pH: 7.4 / 圧: Normal air pressure / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1A.T.Brunger, P.D.Adams, G.M.Clore, W.L.Delano, P.Gros, R.W.Grosse-Kunstleve, J.-S.Jiang, J.Kuszewski, M.Nilges, N.S.Pannu, R.J.Read, L.M.Rice, T.Simonson, G.L.Warren構造決定
NMRPipe2.3F. Delaglio, S. Grzesiek, G. W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer and A. Bax解析
XwinNMR3Bruker Biospincollection
CNS1.1精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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