PDB-1zna: CONFORMATION AND DYNAMICS IN A Z-DNA TETRAMER

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zna

タイトル

CONFORMATION AND DYNAMICS IN A Z-DNA TETRAMER

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Drew, H.R. / Dickerson, R.E.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Conformation and dynamics in a Z-DNA tetramer.
著者: Drew, H.R. / Dickerson, R.E.

履歴

登録	1981年1月26日	登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.0	1981年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2023年7月26日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / symmetry Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _symmetry.space_group_name_H-M 詳細: Coordinates and structure factor indices updated from space group #20 setting B 2 21 2 to more widely recognized setting C 2 2 21 Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.0	2024年5月22日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.occupancy

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zna.cif.gz	13.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zna.ent.gz	9.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zna.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zna_validation.pdf.gz	342.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zna_full_validation.pdf.gz	347 KB	表示
XML形式データ	1zna_validation.xml.gz	2.7 KB	表示
CIF形式データ	1zna_validation.cif.gz	3.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/1zna ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/1zna	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3uln-d 3tci-d 3um4-d 3tci-2 3tci-1 6a1o-2 6a1q-2 3ulo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*G)-3')

2.38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	19.500, 31.270, 64.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-44- HOH
2	1	A-62- HOH
3	1	B-45- HOH

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPG)-3') 分子量: 1191.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.96 Å³/Da / Density meas: 1.6 Mg/m³ / 溶媒含有率: 37.33 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	MGCL2	1	1

結晶化

*PLUS

手法: unknown

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	Crystal-ID	化学式
1	0.5-1.0 M	1	MgCl2
2		1
3		1

-
データ収集

反射	最高解像度: 1.5 Å
反射	PLUS 最高解像度*: 1.5 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: JACK-LEVITT / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.5→5.5 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
obs	0.21	1900

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→5.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	158	0	84	242

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 5.5 Å / σ(F): 2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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