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- PDB-1zmv: Catalytic and ubiqutin-associated domains of MARK2/PAR-1: K82R mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zmv
タイトルCatalytic and ubiqutin-associated domains of MARK2/PAR-1: K82R mutant
要素MAP/Microtubule affinity regulating kinase 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE / SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE / MARK / PAR-1 / KIN1 / UBA DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / microtubule bundle / basal cortex / regulation of microtubule binding / tau-protein kinase / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of postsynapse organization / establishment of cell polarity / regulation of axonogenesis / tau-protein kinase activity ...establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape / microtubule bundle / basal cortex / regulation of microtubule binding / tau-protein kinase / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of postsynapse organization / establishment of cell polarity / regulation of axonogenesis / tau-protein kinase activity / axon development / regulation of cytoskeleton organization / lateral plasma membrane / regulation of microtubule cytoskeleton organization / molecular function activator activity / actin filament / neuron migration / tau protein binding / Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection development / microtubule cytoskeleton organization / postsynapse / peptidyl-serine phosphorylation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / lipid binding / dendrite / magnesium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. ...: / Kinase associated domain 1 (KA1) / Kinase associated domain 1 / Kinase associated domain 1 (KA1) profile. / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase MARK2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.105 Å
データ登録者Panneerselvam, S. / Marx, A. / Mandelkow, E.-M. / Mandelkow, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structure of the catalytic and ubiquitin-associated domains of the protein kinase MARK/Par-1.
著者: Panneerselvam, S. / Marx, A. / Mandelkow, E.M. / Mandelkow, E.
履歴
登録2005年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAP/Microtubule affinity regulating kinase 2
B: MAP/Microtubule affinity regulating kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3512
ポリマ－75,3512
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.191, 121.191, 99.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TYRTYRTYRTYRAA53 - 13116 - 94
21TYRTYRTYRTYRBB53 - 13116 - 94
12GLYGLYLYSLYSAA135 - 31498 - 277
22GLYGLYLYSLYSBB135 - 31498 - 277
13TYRTYRTYRTYRAA323 - 363286 - 326
23TYRTYRTYRTYRBB323 - 363286 - 326

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 MAP/Microtubule affinity regulating kinase 2 / E.C.2.7.1.37 / PAR-1 / Kin1 / serine/threonine kinase Emk / serine/threonine-protein kinase MARK2 / ELKL Motif Kinase / EMK1


分子量: 37675.445 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC AND UBIQUITIN-ASSOCIATED DOMAINS / 変異: K82R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: MARK2 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21AI / 参照: UniProt: O08679, EC: 2.7.1.37

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350, Ammonium Sulphate, BIS-TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8043 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8043 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.105→51.78 Å / Num. all: 14813 / Num. obs: 14813 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.105→3.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y8G

1y8g


解像度: 3.105→51.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 41.137 / SU ML: 0.35 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 5.153 / ESU R Free: 0.46 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25108 740 5 %RANDOM
Rwork0.19983 ---
all0.20235 14814 --
obs0.20235 14814 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.393 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20.17 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.105→51.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4667 0 0 0 4667
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0224755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9551.9816421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.575583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.2123.768207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.51615865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3981532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023514
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2690.22370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3420.23319
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3950.26
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional / Weight position: 0.05

Ens-ID数Rms dev position (Å)
16140.07
212740.06
33410.09
LS精密化 シェル解像度: 3.105→3.185 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 52 -
Rwork0.287 1018 -
obs--96.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2252-2.51020.78834.8431-2.47282.16280.0230.57910.2209-0.4431-0.1626-0.2996-0.25260.07430.1396-0.07-0.04880.1556-0.16060.0082-0.206137.412638.266440.2271
23.0365-3.0724-0.00525.101-1.01320.7768-0.0102-0.72580.01920.56380.027-0.2593-0.16290.1043-0.0168-0.0869-0.0318-0.09750.0564-0.1808-0.176746.857526.3554-3.6997
33.2136-0.2845-0.34555.54712.11825.26370.04130.32190.2356-0.23230.00430.2443-0.0385-0.2252-0.0456-0.2367-0.0123-0.0132-0.25860.1256-0.206938.802613.113830.2377
44.6301-0.8058-1.0323.4070.23854.94370.1279-0.2388-0.25940.2257-0.0873-0.03130.20660.1176-0.0406-0.2067-0.0382-0.1393-0.24850.0315-0.185322.777334.25946.0408
518.13892.6437-0.98835.3457-0.661423.10940.0588-1.47260.46260.6297-0.04740.1929-1.49890.6912-0.0114-0.0214-0.06220.1102-0.28510.0929-0.191339.363137.176559.3407
611.29211.0476-1.38643.5458-2.871211.19940.25891.20830.012-0.2164-0.3384-0.30620.21730.09820.0796-0.15030.1751-0.0905-0.0092-0.0748-0.270947.000729.4946-22.5254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA53 - 13116 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2BB53 - 13116 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3AA135 - 31498 - 277
4X-RAY DIFFRACTION4BB135 - 31498 - 277
5X-RAY DIFFRACTION5AA323 - 363286 - 326
6X-RAY DIFFRACTION6BB323 - 363286 - 326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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