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- PDB-1zlp: Petal death protein PSR132 with cysteine-linked glutaraldehyde fo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zlp
タイトルPetal death protein PSR132 with cysteine-linked glutaraldehyde forming a thiohemiacetal adduct
要素petal death protein
キーワードLYASE / TIM-barrel / helix swapping / 2-ethyl-3-methylmalate lyase / 2-propyl-3-methylmalate lyase / lyase/PEP mutase superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


oxaloacetase / oxaloacetase activity / citramalate lyase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離 / oxaloacetate metabolic process / transferase activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate phosphomutase / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / ICL/PEPM domain / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-HYDROXYPENTANAL / Petal death protein
類似検索 - 構成要素
生物種Dianthus caryophyllus (アンジャベル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Liu, S. / Lu, Z. / Howard, A. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of the Petal Death Protein from Carnation Flower.
著者: Teplyakov, A. / Liu, S. / Lu, Z. / Howard, A. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O.
履歴
登録2005年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN THE LIGAND IS A COVALENT ADDUCT (THIOHEMIACETAL) FORMED BETWEEN GLUTARALDEHYDE (AKA 1,5- ...HETEROGEN THE LIGAND IS A COVALENT ADDUCT (THIOHEMIACETAL) FORMED BETWEEN GLUTARALDEHYDE (AKA 1,5-PENTANEDIAL OR 1,5-PENTANEDIONE, OR 5-OXO-PENTANAL) AND THE THIOL GROUP OF CYS144.
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS STATE THAT THE FUNCTIONAL ANNOTATION OF THE SWS ENTRY BASED ON SEQUENCE ...SEQUENCE THE AUTHORS STATE THAT THE FUNCTIONAL ANNOTATION OF THE SWS ENTRY BASED ON SEQUENCE HOMOLOGY AS CARBOXYPEP MUTASE IS WRONG.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: petal death protein
B: petal death protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6996
ポリマ－68,4462
非ポリマー2534
水1,24369
1
A: petal death protein
B: petal death protein
ヘテロ分子

A: petal death protein
B: petal death protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,39712
ポリマ－136,8924
非ポリマー5068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area21230 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area37010 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)156.190, 156.190, 75.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 petal death protein / PSR132


分子量: 34222.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dianthus caryophyllus (アンジャベル)
遺伝子: PSR132 / プラスミド: PSR132-pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) plysS
参照: UniProt: Q05957, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GAQ / 5-HYDROXYPENTANAL / 5-ヒドロキシペンタナ-ル


分子量: 102.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris, 12% PEG 20K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.2755, 0.9792, 0.9799, 0.9724
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月21日 / 詳細: cylindrically bent Pt-coated mirror
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.27551
20.97921
30.97991
40.97241
反射解像度: 2.7→29.5 Å / Num. all: 26327 / Num. obs: 26327 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 63.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 41.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 25.979 / SU ML: 0.248 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24998 2000 7.8 %RANDOM
Rwork0.19535 ---
obs0.19968 23720 100 %-
all-23720 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 82.746 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.46 Å2-5.23 Å20 Å2
2---10.46 Å20 Å2
3---15.69 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4326 0 16 69 4411
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0214420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.955959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3495567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.40923.946185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.13515763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8781528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2679
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.023286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2980.22343
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3390.22988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2010.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.40132863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.35644496
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.13181701
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.77281463
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 104 -
Rwork0.341 1178 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0818-0.53141.41923.81650.29981.19350.08180.3151-0.321-0.3782-0.04440.31330.1506-0.0209-0.0374-0.0632-0.0342-0.0571-0.0942-0.0598-0.5958-48.421758.28844.3327
24.12730.3919-1.24042.2625-0.3341.527-0.05870.581.3368-0.40050.15170.6472-0.2606-0.2023-0.09310.0016-0.0461-0.0861-0.06260.22380.2039-45.127296.71890.7063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA28 - 31128 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2BB28 - 31128 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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