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万見
- PDB-1zl7: Crystal structure of catalytically-active phospholipase A2 with b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zl7
タイトルCrystal structure of catalytically-active phospholipase A2 with bound calcium
要素hypotensive phospholipase A2
キーワードHYDROLASE / Asp49-PLA2 / snake venom
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / regulation of blood pressure / toxin activity / defense response to bacterium ...phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / regulation of blood pressure / toxin activity / defense response to bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic phospholipase A2 BthA-1
類似検索 - 構成要素
生物種Bothrops jararacussu (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Murakami, M.T. / Cintra, A.C. / Gabdoulkhakov, A. / Genov, N. / Betzel, C. / Arni, R.K.
引用
ジャーナル: Biochimie / 年: 2006
タイトル: Insights into metal ion binding in phospholipases A(2): ultra high-resolution crystal structures of an acidic phospholipase A(2) in the Ca(2+) free and bound states.
著者: Murakami, M.T. / Gabdoulkhakov, A. / Genov, N. / Cintra, A.C. / Betzel, C. / Arni, R.K.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2004
タイトル: Crystallization and high-resolution X-ray diffraction data collection of an Asp49 PLA2 from Bothrops jararacussu venom both in the presence and absence of Ca2+ ions.
著者: Murakami, M.T. / Michelan-Duarte, S. / Cintra, A.C.O. / Arni, R.K.
履歴
登録2005年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypotensive phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8313
ポリマ－13,6981
非ポリマー1322
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: hypotensive phospholipase A2
ヘテロ分子

A: hypotensive phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6616
ポリマ－27,3972
非ポリマー2644
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area2680 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11180 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)39.206, 53.218, 90.057
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 hypotensive phospholipase A2


分子量: 13698.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: venom / 由来: (天然) Bothrops jararacussu (ヘビ) / 参照: UniProt: Q8AXY1, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, CaCl2, tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.427 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月20日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.427 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 12748 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.482 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UMV

1umv


解像度: 1.6→22.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.992 / SU ML: 0.071 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23199 606 4.8 %RANDOM
Rwork0.1763 ---
all0.205 ---
obs0.17892 12723 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.034 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→22.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数950 0 7 105 1062
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7221.9621357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0265125
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.2586
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2730.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3071.5616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1062984
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.813388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0224.5373
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.46521004
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.582106
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.0372974
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.313 50
Rwork0.208 875

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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