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- PDB-1zj9: Structure of Mycobacterium tuberculosis NirA protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zj9
タイトルStructure of Mycobacterium tuberculosis NirA protein
要素Probable ferredoxin-dependent nitrite reductase NirA
キーワードOXIDOREDUCTASE / NIRA / SULFITE / NITRITE / REDUCTASE / SIROHEME / FE4-S4 / CYS-TYR COVALENT BOND
機能・相同性
機能・相同性情報


assimilatory sulfite reductase (ferredoxin) / Cysteine synthesis from O-acetylserine / sulfite reductase activity / sulfite reductase (ferredoxin) activity / sulfate assimilation / peptidoglycan-based cell wall / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Sulfite Reductase Hemoprotein;Domain 2 / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 2 / Nitrite/sulphite reductase iron-sulphur/sirohaem-binding site / Nitrite and sulfite reductases iron-sulfur/siroheme-binding site. / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half domain ...: / Sulfite Reductase Hemoprotein;Domain 2 / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 2 / Nitrite/sulphite reductase iron-sulphur/sirohaem-binding site / Nitrite and sulfite reductases iron-sulfur/siroheme-binding site. / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half domain / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / SIROHEME / Sulfite reductase [ferredoxin] / Sulfite reductase [ferredoxin]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Schnell, R. / Sandalova, T. / Hellman, U. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Siroheme- and [Fe4-S4]-dependent NirA from Mycobacterium tuberculosis Is a Sulfite Reductase with a Covalent Cys-Tyr Bond in the Active Site
著者: Schnell, R. / Sandalova, T. / Hellman, U. / Lindqvist, Y. / Schneider, G.
履歴
登録2005年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年12月27日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ferredoxin-dependent nitrite reductase NirA
B: Probable ferredoxin-dependent nitrite reductase NirA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,5798
ポリマ－126,9722
非ポリマー2,6086
水28816
1
A: Probable ferredoxin-dependent nitrite reductase NirA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7904
ポリマ－63,4861
非ポリマー1,3043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable ferredoxin-dependent nitrite reductase NirA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7904
ポリマ－63,4861
非ポリマー1,3043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.983, 83.307, 108.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 10 - 555 / Label seq-ID: 21 - 566

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細the biological assembly is a monomer in a complex with siroheme and FE4-S4 cluster

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要素

#1: タンパク質 Probable ferredoxin-dependent nitrite reductase NirA / Sulfite reductase NirA


分子量: 63485.844 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 3-555 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: NirA / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P71753, UniProt: P9WJ03*PLUS, ferredoxin-nitrite reductase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-SRM / SIROHEME


分子量: 916.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H44FeN4O16
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, tris-HCl, magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→60 Å / Num. all: 23209 / Num. obs: 23209 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 53.4 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3413 / Rsym value: 0.338 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GET

2get


解像度: 2.9→55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 23.446 / SU ML: 0.433 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.524 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27998 1182 5.1 %RANDOM
Rwork0.20194 ---
all0.20605 22013 --
obs0.20605 22013 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.125 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å2-2.22 Å2
2---2.61 Å20 Å2
3---1.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8632 0 144 16 8792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0218982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5921.97512220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.69451090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.29723.184446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.184151484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1091596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026976
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.24547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.26028
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2550.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4951.55516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84328668
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.98134484
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.594.53525
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4316 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.340.5
medium thermal0.652
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 92 -
Rwork0.293 1659 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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