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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zid | ||||||
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タイトル | LONG FATTY ACID CHAIN ENOYL-ACP REDUCTASE (INHA) IN COMPLEX WITH AN ISONICOTINIC-ACYL-NADH INHIBITOR | ||||||
![]() | ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / INHA ENZYME / ISONIAZID / MODIFIED NADH / ENOYL-ACP REDUCTASE / TUBERCULOSIS / MYCOLIC ACID BIOSYNTHESIS / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase activity (NAD(P)H) / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Rozwarski, D.A. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Modification of the NADH of the isoniazid target (InhA) from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Rozwarski, D.A. / Grant, G.A. / Barton, D.H. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure and Function of the Isoniazid Target of Mycobacterium Tuberculosis 著者: Dessen, A. / Quemard, A. / Blanchard, J.S. / Jacobs Junior, W.R. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1enyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28393.562 Da / 分子数: 1 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZID / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 12% MPD, 4% DMSO, 50MM NACITRATE, 100 MM HEPES, PH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: 0.005 MM NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→10 Å / Num. obs: 10621 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.164 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.343 / % possible all: 49.5 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.164 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 50 % / Rmerge(I) obs: 0.343 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: INITIAL PHASES DERIVED FROM NATIVE STRUCTURE (PDB ENTRY 1ENY) 開始モデル: NATIVE STRUCTURE (PDB ENTRY 1ENY) 解像度: 2.7→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 12
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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