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万見
- PDB-1zid: LONG FATTY ACID CHAIN ENOYL-ACP REDUCTASE (INHA) IN COMPLEX WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zid
タイトルLONG FATTY ACID CHAIN ENOYL-ACP REDUCTASE (INHA) IN COMPLEX WITH AN ISONICOTINIC-ACYL-NADH INHIBITOR
要素ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / INHA ENZYME / ISONIAZID / MODIFIED NADH / ENOYL-ACP REDUCTASE / TUBERCULOSIS / MYCOLIC ACID BIOSYNTHESIS / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZID / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / INITIAL PHASES DERIVED FROM NATIVE STRUCTURE (PDB ENTRY 1ENY) / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rozwarski, D.A. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用
ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Modification of the NADH of the isoniazid target (InhA) from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Rozwarski, D.A. / Grant, G.A. / Barton, D.H. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure and Function of the Isoniazid Target of Mycobacterium Tuberculosis
著者: Dessen, A. / Quemard, A. / Blanchard, J.S. / Jacobs Junior, W.R. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録1997年3月25日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1622
ポリマ－28,3941
非ポリマー7691
水1,22568
1
A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE
ヘテロ分子

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE
ヘテロ分子

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE
ヘテロ分子

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6488
ポリマ－113,5744
非ポリマー3,0744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z+1/31
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/31
Buried area19810 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area34370 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.530, 100.530, 138.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE / INHA / ENOYL-ACP REDUCTASE


分子量: 28393.562 Da / 分子数: 1 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-ZID / ISONICOTINIC-ACETYL-NICOTINAMIDE-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 768.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H30N8O15P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.6 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 12% MPD, 4% DMSO, 50MM NACITRATE, 100 MM HEPES, PH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
16 %methylpentanediol1reservoir
22 %dimethyl sulfoxide1reservoir
350 mMHEPES1reservoirpH7.5
425 mMsodium citrate1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: 0.005 MM NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→10 Å / Num. obs: 10621 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.164 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.343 / % possible all: 49.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.164
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 50 % / Rmerge(I) obs: 0.343

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: INITIAL PHASES DERIVED FROM NATIVE STRUCTURE (PDB ENTRY 1ENY)
開始モデル: NATIVE STRUCTURE (PDB ENTRY 1ENY)

1eny


解像度: 2.7→10 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 1074 9.2 %RANDOM IN SHELLS
Rwork0.202 ---
obs0.202 10422 89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.3 Å
Luzzati d res low-4.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1994 0 52 68 2114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 44 4.6 %
Rwork0.278 394 -
obs--45 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.NADTOPOLOGY.NAD
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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