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万見
- PDB-1zh7: Structural and Biochemical Basis for Selective Repression of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zh7
タイトルStructural and Biochemical Basis for Selective Repression of the Orphan Nuclear Receptor LRH-1 by SHP
要素
  • Orphan nuclear receptor NR5A2
  • nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2
キーワードTRANSCRIPTION / protein-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


primary ovarian follicle growth / positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / morula formation / Nuclear Receptor transcription pathway / pancreas morphogenesis / inner cell mass cell differentiation / acinar cell differentiation ...primary ovarian follicle growth / positive regulation of glucocorticoid biosynthetic process / zygotic genome activation / positive regulation of tendon cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / morula formation / Nuclear Receptor transcription pathway / pancreas morphogenesis / inner cell mass cell differentiation / acinar cell differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / Sertoli cell development / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of stem cell differentiation / nuclear retinoic acid receptor binding / embryonic cleavage / bile acid metabolic process / exocrine pancreas development / peroxisome proliferator activated receptor binding / negative regulation of chondrocyte differentiation / nuclear thyroid hormone receptor binding / cartilage development / bile acid and bile salt transport / calcineurin-mediated signaling / somatic stem cell population maintenance / animal organ regeneration / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of viral genome replication / transcription regulator inhibitor activity / response to glucose / positive regulation of T cell proliferation / neurogenesis / Notch signaling pathway / cellular response to leukemia inhibitory factor / cholesterol homeostasis / transcription coregulator binding / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / circadian regulation of gene expression / : / positive regulation of insulin secretion / phospholipid binding / positive regulation of T cell activation / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / circadian rhythm / transcription corepressor activity / regulation of cell population proliferation / chromosome / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / response to ethanol / chromatin remodeling / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, Y. / Choi, M. / Suino, K. / Kovach, A. / Daugherty, J. / Kliewer, S.A. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structural and biochemical basis for selective repression of the orphan nuclear receptor liver receptor homolog 1 by small heterodimer partner
著者: Li, Y. / Choi, M. / Suino, K. / Kovach, A. / Daugherty, J. / Kliewer, S.A. / Xu, H.E.
履歴
登録2005年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orphan nuclear receptor NR5A2
B: Orphan nuclear receptor NR5A2
C: nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2
D: nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9004
ポリマ－58,9004
非ポリマー00
水3,081171
1
A: Orphan nuclear receptor NR5A2
C: nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4502
ポリマ－29,4502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13000 Å2
手法PISA
2
B: Orphan nuclear receptor NR5A2
D: nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4502
ポリマ－29,4502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1010 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.765, 35.126, 134.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Orphan nuclear receptor NR5A2 / Liver receptor homolog / LRH-1


分子量: 28204.438 Da / 分子数: 2 / 断片: LRH-1 Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P45448
#2: タンパク質・ペプチド nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2


分子量: 1245.445 Da / 分子数: 2 / 断片: SHP 1st LXXLL motif / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P97947
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, tri-Lithium Citrate tetrahydrate, pH 7.0, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月15日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30.2 Å / Num. all: 21170 / Num. obs: 21170 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 31.58 / Observed criterion σ(I): 3953 / Biso Wilson estimate: 62.8 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1351581.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1465 7.8 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.226 18729 --
obs0.226 18729 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 75.6474 Å2 / ksol: 0.351688 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 84.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-31.16 Å20 Å2-7.19 Å2
2---9.97 Å20 Å2
3----21.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.35 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4144 0 0 171 4315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 239 7.8 %
Rwork0.354 2828 -
obs-2322 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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