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- PDB-1zh0: Crystal Structure of L-3-(2-napthyl)alanine-tRNA synthetase in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zh0
タイトルCrystal Structure of L-3-(2-napthyl)alanine-tRNA synthetase in complex with L-3-(2-napthyl)alanine
要素Tyrosyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / structural plasticity / unnatural amino acid / tRNA synthetase / NpALA
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. ...Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-(2-NAPHTHYL)-ALANINE / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Turner, J.M. / Graziano, J. / Spraggon, G. / Schultz, P.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Structural plasticity of an aminoacyl-tRNA synthetase active site
著者: Turner, J.M. / Graziano, J. / Spraggon, G. / Schultz, P.G.
履歴
登録2005年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4023
ポリマ－36,0651
非ポリマー3372
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子

A: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8056
ポリマ－72,1302
非ポリマー6754
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_664-y+1,-x+1,-z-1/21
Buried area4540 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area27320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.995, 102.995, 71.441
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-333-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-tRNA synthetase / Tyrosine--tRNA ligase / TyrRS


分子量: 36064.875 Da / 分子数: 1 / 変異: yes / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-NAL / BETA-(2-NAPHTHYL)-ALANINE / 3-(2-ナフチル)-L-アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 215.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13NO2
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG-300, 5% PEG-8000,10% glycerol 0.1M Tris, pH 8.5, vapor diffusion,sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→72.74 Å / Num. all: 28143 / Num. obs: 33956 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 5.165
反射 シェル解像度: 1.9→2.03 Å / % possible obs: 78.1 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0 / Num. measured obs: 2768 / Χ2: 1.727 / % possible all: 93.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.526 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.318
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å32.44 Å
Translation4 Å32.44 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→72.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 11.199 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1507 5.1 %RANDOM
Rwork0.22 ---
all0.222 28143 --
obs0.222 28143 96.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.724 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.35 Å20 Å20 Å2
2--1.35 Å20 Å2
3----2.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→72.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2461 0 24 115 2600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222528
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5742.0053395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09935592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1125306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.88824.865111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.39615505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7311514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02467
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.22608
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21239
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21605
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1570.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.10.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1940.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4480.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.72422000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2162622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.48352481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.24381134
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.35711914
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 117 -
Rwork0.346 1909 -
obs--90.16 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 80.2402 Å / Origin y: 42.8588 Å / Origin z: 4.202 Å
111213212223313233
T-0.1604 Å2-0.0611 Å2-0.0017 Å2--0.1759 Å2-0.0017 Å2---0.1311 Å2
L2.9541 °21.1491 °22.165 °2-2.1751 °22.0097 °2--5.1825 °2
S0.1926 Å °-0.5829 Å °-0.0561 Å °0.4351 Å °-0.1768 Å °-0.0131 Å °0.172 Å °-0.0316 Å °-0.0158 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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