+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zgz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure Of The Receiver Domain Of TMAO Respiratory System Response Regulator TorR | ||||||
![]() | TorCAD operon transcriptional regulatory protein torR | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Two-Component System / Gene Regulation / Transcription Factor / TMAO Respiratory System / Doubly Wound Five-Stranded Beta-Alpha Fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Toro-Roman, A. / Wu, T. / Stock, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A common dimerization interface in bacterial response regulators KdpE and TorR. 著者: Toro-Roman, A. / Wu, T. / Stock, A.M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 85.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 472 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 477.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14002.429 Da / 分子数: 4 / 断片: N-Terminal Receiver Domain (residues 1-122) / 変異: L122Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.8 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 2000 MME, Ammonium Sulfate, Sodium Acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月13日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU Double Crystal Monochromator With A Sagittally Focused Second Crystal. Crystal Type Is Si(111). プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97888 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 35665 / Num. obs: 34815 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2834 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 80.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.472 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /
|