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- PDB-1zgw: NMR structure of E. Coli Ada protein in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zgw
タイトルNMR structure of E. Coli Ada protein in complex with DNA
要素
  • 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*C)-3'
  • Ada polyprotein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / Protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / helix-turn-helix (ヘリックスターンヘリックス) / Zinc ligand / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / : / DNA alkylation repair / メチル化 / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response ...: / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / : / DNA alkylation repair / メチル化 / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA Methylphosphotriester Repair Domain / DNA Methylphosphotriester Repair Domain / Ada DNA repair, metal-binding / Bifunctional regulatory protein Ada / Ada-like domain superfamily / Metal binding domain of Ada / Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, AraC family / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily ...DNA Methylphosphotriester Repair Domain / DNA Methylphosphotriester Repair Domain / Ada DNA repair, metal-binding / Bifunctional regulatory protein Ada / Ada-like domain superfamily / Metal binding domain of Ada / Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, AraC family / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Helix-turn-helix domain / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Bifunctional transcriptional activator/DNA repair enzyme Ada
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者He, C. / Hus, J.C. / Sun, L.J. / Zhou, P. / Norman, D.P. / Doetsch, V. / Wei, H. / Gross, J.D. / Lane, W.S. / Wagner, G. / Verdine, G.L.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: A Methylation-Dependent Electrostatic Switch Controls DNA Repair and Transcriptional Activation by E. coli Ada.
著者: He, C. / Hus, J.C. / Sun, L.J. / Zhou, P. / Norman, D.P. / Doetsch, V. / Wei, H. / Gross, J.D. / Lane, W.S. / Wagner, G. / Verdine, G.L.
履歴
登録2005年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*A)-3'
C: 5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*C)-3'
A: Ada polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0034
ポリマ－26,9373
非ポリマー651
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40The submitted conformer models have no restraint violations and lowest energies
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*AP*GP*A)-3'


分子量: 5566.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesizer
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*TP*TP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*C)-3'


分子量: 5463.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesizer
#3: タンパク質 Ada polyprotein


分子量: 15907.285 Da / 分子数: 1 / Fragment: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ADA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06134
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
117TROSY-HNCA
127TROSY-HN(CO)CA
137TROSY-HN(CA)CB
147TROSY-HN(COCA)CB
157TROSY-HN(CA)CO
167TROSY-HNCO
171H(CC CO)NH-TOCSY
181(H)C(C-CO)NH-TOCSY
198(H)CCH-TOCSY
11051H-13C HSQC
1119H/D exchange 1H-15N HSQC
1121015N-separated NOESY (60ms)
113813C-separated NOESY (100ms)
114313C-separated NOESY (200ms)
11522D NOESY
116613C-separated NOESY (100ms)
117415N-separated NOESY (200ms)
11892D NOESY (100ms)
1191013C-separated NOESY (100ms) in 90% H2O 10% D2O unlabeled protein and 13C Methyl Cys38

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
113C; 15N; 70% 2H90% H2O/10% D2O
215N; Ile delta1, Leu delta1, delta2, Val gamma1, gamma2 13C; 2HD2O
3Val, Ile, Leu Methyl group 13C; Phe and Tyr 1H; 2H90% H2O/10% D2O
415N, 2H90% H2O/10% D2O
510% 13CD2O
613C C5A labeled thymine top or bottom strand; unlabeled proteinD2O
713C; 15N; 2H90% H2O, 10% D20
813CD2O
915ND2O
1015N90% H20, 10% D2O
試料状態イオン強度: 25 mM sodium phosphate; 50 mM NaCl; 5 mM DTT
pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA9001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Varian INOVAVarianINOVA5003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2001Delaglio, F.; Bax, A.データ解析
XEASY2001Wuthrich, K.データ解析
DYANA1.5Guentert, P.; Wuthrich, K.解析
X-PLOR3.851Brunger精密化
Procheck_nmr3.5.4Laskowski, R.構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted conformer models have no restraint violations and lowest energies
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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