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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zfm | ||||||||||||||||||
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タイトル | AGC Duplex B-DNA | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / Crystallographic Screen / DNA Structure (核酸構造) / Holliday Junction (ホリデイジャンクション) / Molecular Structure (分子構造) | 機能・相同性 | デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | データ登録者 | Hays, F.A. / Teegarden, A.T. / Jones, Z.J.R. / Harms, M. / Raup, D. / Watson, J. / Cavaliere, E. / Ho, P.S. | 引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005 | タイトル: How sequence defines structure: a crystallographic map of DNA structure and conformation. 著者: Hays, F.A. / Teegarden, A. / Jones, Z.J. / Harms, M. / Raup, D. / Watson, J. / Cavaliere, E. / Ho, P.S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zfm.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zfm.ent.gz | 14.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zfm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/1zfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/1zfm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1zewC 1zexC 1zeyC 1zezC 1zf0C 1zf1C 1zf2C 1zf3C 1zf4C 1zf5C 1zf6C 1zf7C 1zf8C 1zf9C 1zfaC 1zfbC 1zfcC 1zfeC 1zffC 1zfgC 1zfhC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: DNA WAS SYNTHESIZED ON AN APPLIED BIOSYSTEMS DNA SYNTHESIZER USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY, WITH THE TRITYL-PROTECTING GROUP LEFT INTACT AT THE 5'-TERMINAL NUCLEOTIDE THEN DEPROTECTED BY ...詳細: DNA WAS SYNTHESIZED ON AN APPLIED BIOSYSTEMS DNA SYNTHESIZER USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY, WITH THE TRITYL-PROTECTING GROUP LEFT INTACT AT THE 5'-TERMINAL NUCLEOTIDE THEN DEPROTECTED BY TREATMENT WITH 3% ACETIC ACID FOR FIFTEEN MINUTES, NEUTRALIZED WITH AMMONIUM HYDROXIDE, AND DESALTED ON A SIGMA G-25 SEPHADEX COLUMN. #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 7 詳細: Na Cacodylate, CaCl2, Spermine, MPD in resevoir, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K, pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→99 Å / Num. obs: 2577 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 77.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NDB ENTRY BD0028 解像度: 2.2→17.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.88 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.668 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.589 / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAWIMUM LIKELIHOOD 詳細: STRUCTURE IS NOT FULLY REFINED. REPEA BD0028 FROM SAME LAB. WILL BE UPDATED AS BETTER DATA IS OBTAINE TO CITATION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.04 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→17.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
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