PDB-1zew: B-DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zew

タイトル

B-DNA

要素

5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*G)-3'

キーワード

DNA / CRYSTALLOGRAPHIC SCREEN / DNA STRUCTURE / HOLLIDAY JUNCTION / MOLECULAR STRUCTURE

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Hays, F.A. / Teegarden, A.T. / Jones, Z.J.R. / Harms, M. / Raup, D. / Watson, J. / Cavaliere, E. / Ho, P.S.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: How sequence defines structure: a crystallographic map of DNA structure and conformation.
著者: Hays, F.A. / Teegarden, A. / Jones, Z.J. / Harms, M. / Raup, D. / Watson, J. / Cavaliere, E. / Ho, P.S.

履歴

登録	2005年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zew.cif.gz	20.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zew.ent.gz	13.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zew.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/1zew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/1zew	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zexC 1zeyC 1zezC 1zf0C 1zf1C 1zf2C 1zf3C 1zf4C 1zf5C 1zf6C 1zf7C 1zf8C 1zf9C 1zfaC 1zfbC 1zfcC 1zfeC 1zffC 1zfgC 1zfhC 1zfmC 1dcv 1dcw 1p4y 1p4z C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1dcv-d 4kwx-3 5zat-d 1zfe-d 1zff-1 1zfh-d 1zfb-d 3dnb-1 5j3g-d 1zfm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*G)-3'

B: 5'-D(*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*G)-3'

ヘテロ分子

6.11 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.710, 24.556, 40.631
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.59, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-21- NA
2	1	A-22- HOH

#1: DNA鎖	5'-D(CPCPTPCPTPAPGPAPGPG)-3' 分子量: 3045.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: DNA WAS SYNTHESIZED ON AN APPLIED BIOSYSTEMS DNA SYNTHESIZER USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY, WITH THE TRITYL-PROTECTING GROUP LEFT INTACT AT THE 5'-TERMINAL NUCLEOTIDE THEN DEPROTECTED BY ...詳細: DNA WAS SYNTHESIZED ON AN APPLIED BIOSYSTEMS DNA SYNTHESIZER USING PHOSPHORAMIDITE CHEMISTRY, WITH THE TRITYL-PROTECTING GROUP LEFT INTACT AT THE 5'-TERMINAL NUCLEOTIDE THEN DEPROTECTED BY TREATMENT WITH 3% ACETIC ACID FOR FIFTEEN MINUTES, NEUTRALIZED WITH AMMONIUM HYDROXIDE, AND DESALTED ON A SIGMA G-25 SEPHADEX COLUMN.
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
解説: STRUCTURE IS NOT REFINED TO ITS LOWEST R AND RFREE VALUES, REFER TO LITERATURE CITATION FOR THIS STRUCTURE.

結晶化

温度: 293 K / pH: 7
詳細: NA CACODYLATE, CACL2, SPERMINE, MPD, IN RESEVOIR,, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	NA CACODYLATE	1	1
2	CACL2	1	1
3	SPERMINE	1	1
4	MPD	1	1
5	H2O	1	1
6	NA CACODYLATE	1	2
7	CACL2	1	2
8	MPD	1	2
9	H2O	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.127
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→17.12 Å / Num. obs: 3277 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 15.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 17.55
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / R_merge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / % possible all: 51.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NDB ENTRY BD0028

解像度: 2.25→17.12 Å / R_factor R_free error: 0.018 / Data cutoff high absF: 49849 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THIS STRUCTURE IS NOT FULLY REFINED. PART OF A CRYSTALLOGRAPHIC SCREEN - SEE REFERENCE.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	228	9.4 %	RANDOM
R_work	0.244	-	-	-
obs	0.244	2423	92.2 %	-

溶媒の処理

B_sol: 65.24 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.02 Å²	0 Å²	0.81 Å²
2-	-	3.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.1 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.35 Å	0.31 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.57 Å	0.43 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→17.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	404	1	61	466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.004
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	0.9
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	19.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	1.27
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	0.067
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	0.105	0
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	0.236
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	0.387

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.39 Å / R_factor R_free error: 0.043 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	42	11.5 %
R_work	0.317	324	-
obs	-	-	85.7 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	DNA-RNA_REP.PARAM	DNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	ION.PARAM	DNA-RNA.LINK
X-RAY DIFFRACTION	3	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION	4		ION.TOP

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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