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万見
- PDB-1zem: Crystal Structure of NAD+-Bound Xylitol Dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zem
タイトルCrystal Structure of NAD+-Bound Xylitol Dehydrogenase
要素xylitol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Dinucleotide-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Xylitol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconobacter oxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ehrensberger, A.H. / Elling, R.A. / Wilson, D.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structure-guided engineering of xylitol dehydrogenase cosubstrate specificity.
著者: Ehrensberger, A.H. / Elling, R.A. / Wilson, D.K.
履歴
登録2005年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: xylitol dehydrogenase
B: xylitol dehydrogenase
C: xylitol dehydrogenase
D: xylitol dehydrogenase
E: xylitol dehydrogenase
F: xylitol dehydrogenase
G: xylitol dehydrogenase
H: xylitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,27521
ポリマ－222,8468
非ポリマー5,42913
水29,6891648
1
A: xylitol dehydrogenase
B: xylitol dehydrogenase
C: xylitol dehydrogenase
D: xylitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,15011
ポリマ－111,4234
非ポリマー2,7277
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17130 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area32810 Å2
手法PISA
2
E: xylitol dehydrogenase
F: xylitol dehydrogenase
G: xylitol dehydrogenase
H: xylitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,12510
ポリマ－111,4234
非ポリマー2,7026
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17060 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area32870 Å2
手法PISA
3
A: xylitol dehydrogenase
B: xylitol dehydrogenase
C: xylitol dehydrogenase
D: xylitol dehydrogenase
ヘテロ分子

E: xylitol dehydrogenase
F: xylitol dehydrogenase
G: xylitol dehydrogenase
H: xylitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,27521
ポリマ－222,8468
非ポリマー5,42913
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area35020 Å2
ΔGint-224 kcal/mol
Surface area64850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.959, 64.717, 168.239
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a tetramer. Each asymmetric unit contains two tetramers.

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要素

#1: タンパク質
xylitol dehydrogenase


分子量: 27855.748 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア)
遺伝子: AB091690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* / 参照: UniProt: Q8GR61, D-xylulose reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, MgCl2, Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.953695 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月8日
詳細: Flat mirror (vertical focusing) Single crystal bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Si 311 Bent Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953695 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→100 Å / Num. all: 149237 / Num. obs: 137448 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 6.16 / Num. unique all: 12419 / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1IY8 (Levodione Reductase)

1iy8


解像度: 1.9→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 6553 -Random
Rwork0.167 ---
all0.17 149161 --
obs0.17 129843 87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15512 0 357 1648 17517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.93437
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01945

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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