PDB-1zej: Crystal structure of the 3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase (hbd-9, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zej

タイトル

Crystal structure of the 3-hydroxyacyl-coa dehydrogenase (hbd-9, af2017) from archaeoglobus fulgidus dsm 4304 at 2.00 A resolution

要素

3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

L-gulonate 3-dehydrogenase / L-gulonate 3-dehydrogenase activity / NAD+ binding / fatty acid metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (HBD-9) (np_070841.1) from Archaeoglobus fulgidus at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zej.cif.gz	76 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zej.ent.gz	55.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zej.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zej_validation.pdf.gz	670.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zej_full_validation.pdf.gz	673.6 KB	表示
XML形式データ	1zej_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	1zej_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/1zej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/1zej	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5dd7-d 4wn3-1 2w8b-1 5z6d-d 2otp-d 6ukn-d 4mvx-1 5gvb-d 4eg7-1 6p5v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 356320

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (8) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.331, 146.331, 62.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	177
Space group name H-M	P622

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-282- CL
2	1	A-340- HOH
3	1	A-406- HOH

#1: タンパク質	3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / HBD-9 分子量: 33538.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: hbd-9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28262, 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化	温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop 詳細: 0.08M Tris_base, 0.20M Mg Cl, 0.02M Tris Cl, 24.00% PEG 400, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97929,0.89194

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月31日

放射

モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97929	1
2	0.89194	1

反射

解像度: 2→29.07 Å / Num. obs: 27230 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2-2.05	10.9	1.6	1972	0.479	1	100
2.05-2.11	11	2	1931	0.377	1	100
2.11-2.17	11	2.5	1867	0.31	1	100
2.17-2.24	11	3	1822	0.252	1	100
2.24-2.31	11	3.5	1764	0.214	1	100
2.31-2.39	10.9	4	1711	0.187	1	100
2.39-2.48	10.9	4.4	1666	0.169	1	100
2.48-2.58	10.9	5	1587	0.15	1	100
2.58-2.7	10.9	5.4	1546	0.133	1	100
2.7-2.83	10.9	6.2	1467	0.115	1	100
2.83-2.98	10.9	7.6	1411	0.091	1	100
2.98-3.16	10.8	8.1	1328	0.084	1	100
3.16-3.38	10.8	7.9	1258	0.078	1	100
3.38-3.65	10.7	8.5	1170	0.074	1	100
3.65-4	10.6	9	1098	0.069	1	100
4-4.47	10.5	10.3	1001	0.061	1	100
4.47-5.16	10.4	10.3	887	0.06	1	100
5.16-6.32	9.9	9.1	767	0.069	1	100
6.32-8.94	9.6	10	611	0.062	1	100
8.94-29.07	8.6	10.6	366	0.056	1	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.6	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 5.629 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.137
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. UNMODELED DENSITY NEAR HIS117 MAY BE A COVALENT MODIFICATION, THOUGH IT CANNOT BE IDENTIFIED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	1397	5.1 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
all	0.181	-	-	-
obs	0.18088	25841	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.236 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2202	0	26	135	2363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.537	1.984	3119
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.869	3	5158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.876	5	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.264	23.232	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.09	15	416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.466	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	363
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2496
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.175	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.244	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.245	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.26	1.5	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.3	1.5	576
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.692	2	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.642	3	980
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.85	4.5	826

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	109	-
R_work	0.165	1864	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5098	0.0493	-1.1937	1.966	-1.108	2.6169	0.1097	0.0911	0.0626	-0.0946	0.0091	0.1201	-0.0703	-0.0563	-0.1188	-0.1504	0.0208	-0.0103	-0.0625	0.0121	-0.0978	22.06	55.122	-16.759
2	3.2389	-0.0873	-0.4998	1.0829	-0.0272	1.9111	0.0858	-0.458	0.0326	0.1822	-0.066	-0.0426	0.0734	0.1265	-0.0198	-0.1726	-0.0227	0.0239	-0.0194	0.0055	-0.1131	-1.056	51.553	8.248

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	0 - 161	12 - 173
2	2	162 - 281	174 - 293

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