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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zei | ||||||
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タイトル | CROSS-LINKED B28 ASP INSULIN | ||||||
![]() | INSULIN | ||||||
![]() | HORMONE / METABOLIC ROLE / CHEMICAL ACTIVITY / INSULIN MUTANT / CROSS-LINK / GLUCOSE METABOLISM / DIABETES | ||||||
機能・相同性 | ![]() Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine ...Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine / positive regulation of lipoprotein lipase activity / lactate biosynthetic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / lipoprotein biosynthetic process / COPI-mediated anterograde transport / lipid biosynthetic process / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of DNA replication / positive regulation of protein secretion / insulin-like growth factor receptor binding / insulin receptor binding / hormone activity / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / positive regulation of cell migration / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Whittingham, J.L. / Edwards, E.J. / Antson, A.A. / Clarkson, J.M. / Dodson, G.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Interactions of phenol and m-cresol in the insulin hexamer, and their effect on the association properties of B28 pro --> Asp insulin analogues. 著者: Whittingham, J.L. / Edwards, D.J. / Antson, A.A. / Clarkson, J.M. / Dodson, G.G. #1: ![]() タイトル: Role of C-Terminal B-Chain Residues in Insulin Assembly: The Structure of Hexameric Lysb28Prob29-Human Insulin 著者: Ciszak, E. / Beals, J.M. / Frank, B.H. / Baker, J.C. / Carter, N.D. / Smith, G.D. #2: ![]() タイトル: The Structure of a Rhombohedral R6 Insulin Hexamer that Binds Phenol 著者: Smith, G.D. / Dodson, G.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5987.840 Da / 分子数: 6 / 変異: P28D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CRS / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 50 ℃ / 手法: batch method / PH range low: 6.4 / PH range high: 5.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.88 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→19.9 Å / Num. obs: 21942 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.216 / % possible all: 49.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 79085 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 77 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: THE MONOCLINIC PHENOL INSULIN DIMER 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.1762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |