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- PDB-1zcd: Crystal structure of the Na+/H+ antiporter NhaA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zcd
タイトルCrystal structure of the Na+/H+ antiporter NhaA
要素Na(+)/H(+) antiporter 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / antiporter
機能・相同性
機能・相同性情報


response to alkaline pH / sodium:proton antiporter activity / cardiolipin binding / response to salt stress / regulation of intracellular pH / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na+/H+ antiporter like domain / Na+/H+ antiporter NhaA / Na+/H+ antiporter domain superfamily / Na+/H+ antiporter 1 / Na+/H+ antiporter like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) antiporter NhaA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Hunte, C. / Screpanti, E. / Venturi, M. / Rimon, A. / Padan, E. / Michel, H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structure of a Na+/H+ antiporter and insights into mechanism of action and regulation by pH.
著者: Hunte, C. / Screpanti, E. / Venturi, M. / Rimon, A. / Padan, E. / Michel, H.
履歴
登録2005年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) antiporter 1
B: Na(+)/H(+) antiporter 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7772
ポリマ－82,7772
非ポリマー00
水00
1
A: Na(+)/H(+) antiporter 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3881
ポリマ－41,3881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Na(+)/H(+) antiporter 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3881
ポリマ－41,3881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.868, 121.718, 123.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) antiporter 1 / Sodium/proton antiporter 1


分子量: 41388.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nhaA / プラスミド: pAXH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RK20 / 参照: UniProt: P13738

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.13 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: PEG 400, MgCl2, KCl, citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2910.9717
シンクロトロンESRF ID23-120.9794
シンクロトロンSLS X06SA30.9686
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2004年2月9日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2004年7月10日
MARRESEARCH3CCD2004年9月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97171
20.97941
30.96861
反射解像度: 3.45→20 Å / Num. all: 21922 / Num. obs: 19993 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.4 % / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル解像度: 3.45→3.57 Å / % possible all: 64.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.45→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 633 -RANDOM
Rwork0.316 ---
all0.3016 21922 --
obs0.3016 19993 91.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5616 0 0 0 5616
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01028
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.57304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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