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- PDB-1zc3: Crystal structure of the Ral-binding domain of Exo84 in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zc3
タイトルCrystal structure of the Ral-binding domain of Exo84 in complex with the active RalA
要素
  • Ras-related protein Ral-A
  • exocyst complex protein Exo84
キーワードSIGNALING PROTEIN / exocytosis / small GTPase / GTP-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Insulin processing / VxPx cargo-targeting to cilium / membrane raft localization / exocyst / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / establishment of protein localization to mitochondrion / endosome organization / Golgi to plasma membrane transport / regulation of exocytosis / Flemming body ...Insulin processing / VxPx cargo-targeting to cilium / membrane raft localization / exocyst / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / establishment of protein localization to mitochondrion / endosome organization / Golgi to plasma membrane transport / regulation of exocytosis / Flemming body / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of filopodium assembly / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of mitochondrial fission / myosin binding / exocytosis / cell leading edge / cleavage furrow / extracellular matrix disassembly / p38MAPK events / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / phosphatidylinositol binding / small monomeric GTPase / G protein activity / synaptic membrane / neural tube closure / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / Schaffer collateral - CA1 synapse / cytoplasmic vesicle membrane / protein localization / receptor internalization / small GTPase binding / GDP binding / chemotaxis / protein transport / late endosome / ATPase binding / growth cone / Ras protein signal transduction / cell cycle / cell division / focal adhesion / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / signal transduction / mitochondrion / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Exocyst component Exo84, C-terminal / Exocyst complex component Exo84 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 2 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 1 / Exocyst component 84 C-terminal / Vps51/EXO84/COG1 N-terminal / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Small GTPase, Ras-type ...Exocyst component Exo84, C-terminal / Exocyst complex component Exo84 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 2 / Exocyst component Exo84, C-terminal, subdomain 1 / Exocyst component 84 C-terminal / Vps51/EXO84/COG1 N-terminal / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Exocyst complex component 8 / Ras-related protein Ral-A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jin, R. / Junutula, J.R. / Matern, H.T. / Ervin, K.E. / Scheller, R.H. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Exo84 and Sec5 are competitive regulatory Sec6/8 effectors to the RalA GTPase.
著者: Jin, R. / Junutula, J.R. / Matern, H.T. / Ervin, K.E. / Scheller, R.H. / Brunger, A.T.
履歴
登録2005年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Ral-A
B: exocyst complex protein Exo84
C: Ras-related protein Ral-A
D: exocyst complex protein Exo84
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9598
ポリマ－66,8664
非ポリマー1,0934
水7,440413
1
A: Ras-related protein Ral-A
D: exocyst complex protein Exo84
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9794
ポリマ－33,4332
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: exocyst complex protein Exo84
C: Ras-related protein Ral-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9794
ポリマ－33,4332
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.469, 113.795, 71.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a complex between Ral and Exo84-RBD. The interaction as seen in the asymmetric unit is only a crystal contact. A functional complex is formed between symmetry related chains A and D, or chains B and C.

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Ral-A


分子量: 20009.396 Da / 分子数: 2 / 変異: Q72L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RALA, RAL / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P11233
#2: タンパク質 exocyst complex protein Exo84


分子量: 13423.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pGEX-2T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O54924
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18-22% PEG3350, 0.1-0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月15日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→35 Å / Num. all: 59351 / Num. obs: 57036 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.469 / % possible all: 70.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→35 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 267842.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 5333 10.2 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.22 54868 --
obs0.22 52234 95.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.4711 Å2 / ksol: 0.335337 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å2-1.98 Å2
2---4.25 Å20 Å2
3---3.46 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4598 0 66 413 5077
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.472
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.092.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 755 10 %
Rwork0.276 6769 -
obs-7524 82.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2gnp.parwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramgnp.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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