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万見
- PDB-1zbu: crystal structure of full-length 3'-exonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zbu
タイトルcrystal structure of full-length 3'-exonuclease
要素3'-5' exonuclease ERI1
キーワードHYDROLASE / 3'-exonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


histone pre-mRNA stem-loop binding / rRNA 3'-end processing / exoribonuclease II / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone pre-mRNA 3'end processing complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 3'-5' exonuclease activity / ribosome binding ...histone pre-mRNA stem-loop binding / rRNA 3'-end processing / exoribonuclease II / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone pre-mRNA 3'end processing complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 3'-5' exonuclease activity / ribosome binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / rRNA binding / nucleolus / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / SAP domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Exonuclease / SAP domain superfamily / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / SAP motif profile. / SAP domain ...: / : / SAP domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Exonuclease / SAP domain superfamily / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 3'-5' exoribonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.998 Å
データ登録者Cheng, Y. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis for 3'-end specific recognition of histone mRNA stem-loop by 3'-exonuclease, a human nuclease that also targets siRNA
著者: Cheng, Y. / Patel, D.J.
履歴
登録2005年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3'-5' exonuclease ERI1
B: 3'-5' exonuclease ERI1
C: 3'-5' exonuclease ERI1
D: 3'-5' exonuclease ERI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,82616
ポリマ－162,2434
非ポリマー1,58312
水66737
1
A: 3'-5' exonuclease ERI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9574
ポリマ－40,5611
非ポリマー3963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3'-5' exonuclease ERI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9574
ポリマ－40,5611
非ポリマー3963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 3'-5' exonuclease ERI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9574
ポリマ－40,5611
非ポリマー3963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 3'-5' exonuclease ERI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9574
ポリマ－40,5611
非ポリマー3963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)215.843, 215.843, 114.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
3'-5' exonuclease ERI1 / E.C.3.1.-.- / Eri-1 homolog / Histone mRNA 3' end-specific exoribonuclease / Protein 3'hExo / HEXO


分子量: 40560.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERI1, 3'EXO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IV48, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.06 %

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データ収集

検出器検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.998→19.96 Å / Num. all: 61407 / Num. obs: 53948 / % possible obs: 97.77 % / Observed criterion σ(I): 1.5

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.998→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 18.934 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22472 6085 10.1 %RANDOM
Rwork0.19852 ---
all0.20118 61407 --
obs0.20118 53948 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.379 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20.32 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.998→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7947 0 100 37 8084
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.99311111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6245974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.26124.543372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.06151536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2721544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.21216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.23519
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.25719
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4260.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5431.55020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87127993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.36533606
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2834.53118
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.998→3.074 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 390 -
Rwork0.33 3716 -
obs--93.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9758-0.6980.94861.8312-0.58991.6344-0.02240.0727-0.087-0.02750.07630.07960.0845-0.0872-0.0539-0.2441-0.06990.0358-0.22210.0079-0.28797.4021-68.6103-77.6648
24.2980.37481.41950.7290.06332.7539-0.0147-0.0011-0.05590.08070.09530.18730.0743-0.3887-0.0806-0.2179-0.07250.0572-0.11260.0699-0.207178.7628-78.2572-55.7707
33.8965-2.1150.84923.3937-0.64022.0447-0.0729-0.1291-0.0010.11050.070.2601-0.1634-0.25520.0029-0.01510.01610.023-0.2613-0.0023-0.1736105.1699-34.7391-51.268
43.82712.0099-0.97653.8707-1.3282.08440.08880.390.0732-0.0777-0.1154-0.03260.1472-0.2360.0266-0.154-0.1020.01740.0937-0.0336-0.076157.6392-83.0234-23.9212
55.4411-1.003-1.514910.1034-0.66258.9556-0.1568-0.1388-1.0048-0.2441-0.1525-0.2441.37640.36960.30930.70730.07950.05440.03250.02050.347499.826-104.8453-29.5255
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A126 - 349
2X-RAY DIFFRACTION2B126 - 349
3X-RAY DIFFRACTION3C126 - 349
4X-RAY DIFFRACTION4D126 - 349
5X-RAY DIFFRACTION5B51 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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