PDB-1zbt: Crystal structure of Peptide chain release factor 1 (RF-1) (SMU.1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zbt

タイトル

Crystal structure of Peptide chain release factor 1 (RF-1) (SMU.1085) from Streptococcus mutans at 2.34 A resolution

要素

Peptide chain release factor 1

キーワード

TRANSLATION / SMU.1085 / Peptide chain release factor 1 (RF-1) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

translation release factor activity, codon specific / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus mutans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Peptide chain release factor 1 (RF-1) (SMU.1085) from Streptococcus mutans at 2.34 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zbt.cif.gz	78.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zbt.ent.gz	57.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zbt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zbt_validation.pdf.gz	404 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zbt_full_validation.pdf.gz	405.9 KB	表示
XML形式データ	1zbt_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	1zbt_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/1zbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/1zbt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5az7-d 6ar3-2 3bt1-d 2fk6-d 4gcw-d 4ont-1 5icc-d 3oxu-1 1wcd-d 4u9u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 358002

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Peptide chain release factor 1

42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.444, 69.444, 188.165
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Peptide chain release factor 1 / RF-1 分子量: 42635.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 遺伝子: prfA, rf1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DU64
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 6.5 詳細: 13.0% PEG-8000, 0.2M Ca(OAc)2, 20.0% Glycerol, 0.1M Cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99187,0.97960,0.97942

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月21日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.99187	1
2	0.9796	1
3	0.97942	1

反射

解像度: 2.34→28.58 Å / Num. obs: 20155 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.34-2.47	3.5	1.3	2891	0.583	1	99.8
2.47-2.62	3.6	1.7	2722	0.463	1	100
2.62-2.8	3.5	2.4	2593	0.321	1	99.9
2.8-3.02	3.5	3.4	2424	0.227	1	100
3.02-3.31	3.5	5.5	2243	0.14	1	99.9
3.31-3.7	3.5	9.6	2019	0.079	1	99.7
3.7-4.27	3.5	13.8	1819	0.05	1	99.7
4.27-5.23	3.5	17.5	1532	0.039	1	99.2
5.23-7.4	3.4	15.7	1216	0.045	1	98.3
7.4-28.58	3.1	22.4	696	0.027	1	94.6

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.6	データ抽出
XDS		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.34→28.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 18.297 / SU ML: 0.203 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.24
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: OTHER REFINEMENT REMARKS: 1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2). ELECTRON DENSITY FOR PORTIONS OF THE N-TERMINAL DOMAIN IS QUITE POOR; THEREFORE, SEVERAL RESIDUES IN THIS ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.275	1033	5.1 %	RANDOM
R_work	0.221	-	-	-
all	0.223	-	-	-
obs	0.22326	19101	99.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.292 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→28.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2486	0	0	61	2547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.255	1.96	3398
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.74	3	5301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.109	5	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.18	25.36	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.843	15	447
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.346	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2815
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1633
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.162	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.114	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.65	3	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.315	3	649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.592	5	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.814	8	988
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.639	11	862

LS精密化シェル

解像度: 2.34→2.401 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	70	-
R_work	0.3	1379	-
obs	-	-	99.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6453	-3.0661	1.85	4.9089	-4.5348	15.0597	0.1057	0.1355	-0.2483	-0.2464	-0.0724	0.0864	1.1578	0.2245	-0.0334	-0.0565	-0.0558	0.0866	0.3333	-0.1272	0.1853	25.8679	40.0378	90.3676
2	2.2695	0.2705	2.398	1.9056	0.249	7.7041	0.1995	0.6711	-0.2114	-0.2614	0.0725	-0.1255	0.6626	0.5641	-0.272	-0.1871	0.0236	0.0392	-0.2401	-0.0453	-0.1267	58.0055	44.3855	74.9136
3	0.0516	0.1643	-0.1296	0.8362	1.1338	7.9665	-0.0038	0.1016	0.1187	-0.309	0.0322	0.0805	-0.2882	-0.2367	-0.0283	-0.1891	-0.0452	0.0001	-0.1963	0.0038	-0.0186	52.1119	48.4231	68.2666

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	74 - 104	86 - 116
2	2	105 - 210	117 - 222
3	3	298 - 358	310 - 370

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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