PDB-1zbf: Crystal structure of B. halodurans RNase H catalytic domain mutan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zbf

タイトル

Crystal structure of B. halodurans RNase H catalytic domain mutant D132N

要素

ribonuclease H-related protein

キーワード

HYDROLASE / RNase H / RNA/DNA hybrid / DDE motif

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Nowotny, M. / Gaidamakov, S.A. / Crouch, R.J. / Yang, W.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
著者: Nowotny, M. / Gaidamakov, S.A. / Crouch, R.J. / Yang, W.

履歴

登録	2005年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zbf.cif.gz	46 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zbf.ent.gz	31.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zbf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/1zbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/1zbf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zbiC 1zblC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cgz-3 4f1e-4 6xhe-2 4d3p-d 3cgy-2 3d7b-1 3ks4-2 1afk-1 6qtm-3 5ubd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ribonuclease H-related protein

ヘテロ分子

16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.822, 66.822, 58.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	ribonuclease H-related protein 分子量: 16329.478 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain (residues 59-196) / 変異: D132N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 株: C-125 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: Q9KEI9, ribonuclease H
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 2000 monomethyl ether, ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-ID	1	1
シンクロトロン	APS	22-BM	2		0.9700, 0.9793, 0.9796

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2004年8月17日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2004年8月17日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.97	1
3	0.9793	1
4	0.9796	1

反射

解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 24651 / Num. obs: 23577 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 35.1

反射シェル

解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2379 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.5→30 Å / R_factor R_free error: 0.006 / Data cutoff high absF: 496363.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	1141	4.8 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.189	23577	95.6 %	-
all	-	24654	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 62.3896 Å² / k_sol: 0.374987 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.33 Å²	-0.56 Å²	0 Å²
2-	-	-1.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.67 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.18 Å	0.16 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.11 Å	0.12 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1072	0	5	232	1309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	22.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.87
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.3	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.94	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.99	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.01	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.59 Å / R_factor R_free error: 0.02 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	161	4.4 %
R_work	0.247	3506	-
obs	-	-	90.4 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	ion.top

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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