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- PDB-1zb7: Crystal Structure of Botulinum Neurotoxin Type G Light Chain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zb7
タイトルCrystal Structure of Botulinum Neurotoxin Type G Light Chain
要素neurotoxin
キーワードTOXIN / HExxH metalloprotease
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type G (botG) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding ...Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Botulinum neurotoxin type G
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Arndt, J.W. / Yu, W. / Bi, F. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of botulinum neurotoxin type g light chain: serotype divergence in substrate recognition
著者: Arndt, J.W. / Yu, W. / Bi, F. / Stevens, R.C.
履歴
登録2005年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: neurotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1973
ポリマ－51,9431
非ポリマー2552
水3,549197
1
A: neurotoxin
ヘテロ分子

A: neurotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,3956
ポリマ－103,8862
非ポリマー5094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
Buried area5020 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area34730 Å2
手法PISA, PQS
2
A: neurotoxin
ヘテロ分子

A: neurotoxin
ヘテロ分子

A: neurotoxin
ヘテロ分子

A: neurotoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,78912
ポリマ－207,7714
非ポリマー1,0188
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+2/31
Buried area13890 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area65610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.8660, 178.8660, 80.8640
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
詳細The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations:

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要素

#1: タンパク質 neurotoxin


分子量: 51942.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
プラスミド: pBN13 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q60393
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 6.00% PEG 6000, 0.65M Lithium Chloride, 0.10M Sodium Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.00863 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 30233 / Num. obs: 30233 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.395 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0011精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F82

1f82


解像度: 2.35→24.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 9.871 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22216 1536 5.1 %RANDOM
Rwork0.17364 ---
all0.17612 28690 --
obs0.17364 28690 93.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20.04 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→24.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3322 0 14 197 3533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0223417
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0311.9664625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04637055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7825410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96625.091165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.41415587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8631512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.22962
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.21637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.21887
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3750.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.250.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2350.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8311.52155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.31.5829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.28323364
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.58831473
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2534.51261
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 115 -
Rwork0.233 2093 -
obs--95.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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