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- PDB-1zaf: Crystal structure of estrogen receptor beta complexed with 3-Brom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zaf
タイトルCrystal structure of estrogen receptor beta complexed with 3-Bromo-6-hydroxy-2-(4-hydroxy-phenyl)-inden-1-one
要素
  • Estrogen receptor beta
  • Nuclear receptor coactivator 1
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSFERASE / estrogen receptor / estrogen receptor beta / er-beta / er / estrogen / nuclear receptor / transcription factor / agonist / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor antagonist activity / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / nuclear steroid receptor activity / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear estrogen receptor activity ...receptor antagonist activity / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / nuclear steroid receptor activity / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear estrogen receptor activity / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / lactation / positive regulation of neuron differentiation / steroid binding / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / ESR-mediated signaling / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / cellular response to estradiol stimulus / response to progesterone / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of cell growth / cerebral cortex development / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / Circadian Clock / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell signaling / response to estradiol / HATs acetylate histones / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Nuclear receptor coactivator 1 / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Estrogen receptor beta-like, N-terminal / Estrogen receptor beta/gamma / Estrogen receptor beta / Nuclear receptor coactivator 1 / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-789 / Nuclear receptor coactivator 1 / Estrogen receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者McDevitt, R.E. / Malamas, M.S. / Manas, E.S. / Unwalla, R.J. / Xu, Z.B. / Miller, C.P. / Harris, H.A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2005
タイトル: Estrogen receptor ligands: design and synthesis of new 2-arylindene-1-ones
著者: McDevitt, R.E. / Malamas, M.S. / Manas, E.S. / Unwalla, R.J. / Xu, Z.B. / Miller, C.P. / Harris, H.A.
履歴
登録2005年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor beta
B: Estrogen receptor beta
C: Nuclear receptor coactivator 1
D: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2216
ポリマ－56,5874
非ポリマー6342
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area20370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.281, 89.213, 99.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor beta / ER-beta


分子量: 26906.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR2, ESTRB, NR3A2 / プラスミド: PET16B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q92731
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Steroid receptor coactivator-1 / SRC-1 / RIP160 / Hin-2 protein


分子量: 1386.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence was derived from steroid receptor coactivator-1.
参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-789 / 3-BROMO-6-HYDROXY-2-(4-HYDROXYPHENYL)-1H-INDEN-1-ONE


分子量: 317.134 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H9BrO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG3350, 0.2M Mg Acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月26日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: 0.9 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15 Å / Num. all: 24154 / Num. obs: 23329 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / Num. unique all: 1151 / Rsym value: 0.348 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→14.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2465802.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: OTHER REFINEMENT REMARKS: NULL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1136 4.9 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.229 24154 --
obs0.226 23329 96.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.9415 Å2 / ksol: 0.364206 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3 Å20 Å20 Å2
2--7.38 Å20 Å2
3----7.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→14.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3796 0 38 167 4001
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.712.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.2-2.340.3161714.70.24934623462
2.34-2.520.3081770.2473629
2.52-2.770.3082010.2473658
2.77-3.170.2931820.2453710
3.17-3.980.2861880.2143802
3.98-150.2562170.2063932
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4789.par789.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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