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- PDB-1z9l: 1.7 Angstrom Crystal Structure of the Rat VAP-A MSP Homology Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z9l
タイトル1.7 Angstrom Crystal Structure of the Rat VAP-A MSP Homology Domain
要素Vesicle-associated membrane protein-associated protein A
キーワードPROTEIN BINDING / VAP-A / Cytoplasmic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


FFAT motif binding / endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / sphingomyelin biosynthetic process / ceramide transport / COPII-coated vesicle budding / sterol transport / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / negative regulation by host of viral genome replication / positive regulation by host of viral genome replication / protein localization to endoplasmic reticulum ...FFAT motif binding / endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / sphingomyelin biosynthetic process / ceramide transport / COPII-coated vesicle budding / sterol transport / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / negative regulation by host of viral genome replication / positive regulation by host of viral genome replication / protein localization to endoplasmic reticulum / phospholipid transport / cholesterol transport / Neutrophil degranulation / viral release from host cell / bicellular tight junction / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / microtubule binding / nuclear membrane / vesicle / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vesicle-associated membrane-protein-associated protein / Major sperm protein (MSP) domain / MSP (Major sperm protein) domain / Major sperm protein (MSP) domain profile. / PapD-like superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vesicle-associated membrane protein-associated protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kaiser, S.E. / Brickner, J.H. / Reilein, A.R. / Fenn, T.D. / Walter, P. / Brunger, A.T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Structural basis of FFAT motif-mediated ER targeting
著者: Kaiser, S.E. / Brickner, J.H. / Reilein, A.R. / Fenn, T.D. / Walter, P. / Brunger, A.T.
履歴
登録2005年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vesicle-associated membrane protein-associated protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8271
ポリマ－14,8271
非ポリマー00
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.200, 48.200, 112.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Vesicle-associated membrane protein-associated protein A / VAMP- associated protein A / VAMP-A / VAP-A / 33 kDa Vamp-associated protein / VAP-33


分子量: 14827.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Vapa, Vap33 / プラスミド: pGEX-4T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Z270
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG2000 MME, NaCl, tris buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9795, 0.9793, 0.9649
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月6日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97931
30.96491
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 27524 / Num. obs: 27860 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 8 / Observed criterion σ(I): 8 / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→13.58 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 824290.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2679 9.7 %RANDOM
Rwork0.22 ---
all0.236 27860 --
obs0.22 27484 98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.178 Å2 / ksol: 0.365461 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----1.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.09 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→13.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1043 0 0 131 1174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 494 10.7 %
Rwork0.264 4118 -
obs-4118 99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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