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- PDB-1z8s: DnaB binding domain of DnaG (P16) from Bacillus stearothermophilu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z8s
タイトルDnaB binding domain of DnaG (P16) from Bacillus stearothermophilus (residues 452-597)
要素DNA primase
キーワードTRANSFERASE / two alpha helical sub-domains
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA primase DnaG / primosome complex / : / DNA helicase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #360 / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain ...Helix Hairpins - #360 / DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA primase, DnaB-helicase binding domain / DnaB-helicase binding domain of primase / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain superfamily / : / CHC2 zinc finger / DNA primase catalytic core, N-terminal domain / zinc finger / DNA Primase, CHC2-type zinc finger / Toprim-like / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / TOPRIM / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, cartesian slow-cool annealing energy minimisation
データ登録者Syson, K. / Thirlway, J. / Hounslow, A.M. / Soultanas, P. / Waltho, J.P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Solution structure of the helicase-interaction domain of the primase DnaG: a model for helicase activation
著者: Syson, K. / Thirlway, J. / Hounslow, A.M. / Soultanas, P. / Waltho, J.P.
履歴
登録2005年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999 SEQUENCE According to authors, residue 530 in the actual sequence is a Glu and 531 is a Leu. The ... SEQUENCE According to authors, residue 530 in the actual sequence is a Glu and 531 is a Leu. The initial sequence submitted in the database for these residues is incorrect.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8471
ポリマ－16,8471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA primase


分子量: 16846.576 Da / 分子数: 1 / 断片: P16, Residues 451-597 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: dnaG / プラスミド: pET21d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9X4D0, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: simultaneously acquired 15N- and 13C-edited 3D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM U-15N P1690% H2O/10% D2O
21mM U-15N U13C P1690% H2O/10% D2O
30.5mM U-15N P1650% H2O/50% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120mM potassium phosphate, 200mM sodium chloride 6.8ambient 298 K
220mM potassium phosphate, 200mM sodium chloride 6.8ambient 298 K
320mM potassium phosphate, 200mM sodium chloride 6.8ambient 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Brukercollection
Felix2000Accelrys Inc., San Diego, CA解析
Felix2000Accelrys Inc., San Diego, CAデータ解析
CNS1.1Brunger, et al.構造決定
CNS1.1Brunger, et al.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, cartesian slow-cool annealing energy minimisation
ソフトェア番号: 1
詳細: total of 1707 experimentally determined restraints, 1439 NOE-derived distance constraints, 200 dihedral angle restraints, 68 hydrogen bond distance restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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