PDB-1z8k: X-ray structure of allene oxide cyclase from Arabidopsis thaliana...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z8k

タイトル

X-ray structure of allene oxide cyclase from Arabidopsis thaliana at3g25770

要素

At3g25770 protein

キーワード

ISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / AT3G25770 / Center for Eukaryotic Structural Genomics / jasmonic acid biosynthesis / plant protein

機能・相同性

機能・相同性情報

allene-oxide cyclase / allene-oxide cyclase activity / stromule / jasmonic acid biosynthetic process / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / response to cold / chloroplast / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.712 Å

データ登録者

Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: X-ray structure of allene oxide cyclase from Arabidopsis thaliana at3g25770
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

履歴

登録	2005年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年2月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z8k.cif.gz	127.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z8k.ent.gz	102.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z8k_validation.pdf.gz	433.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z8k_full_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示
XML形式データ	1z8k_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	1z8k_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4cq6-d 2gin-2 2q4i-d 2dio-d 4cq7-d 4h6c-3 2brj-d 3tbg-4 5ch5-d 5lrr-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.15839

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: At3g25770 protein

B: At3g25770 protein

C: At3g25770 protein

63.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.412, 100.013, 105.386
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	At3g25770 protein 分子量: 21299.947 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AT3G25770 / プラスミド: PVP-27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9LS02, allene-oxide cyclase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 10 mg/ml protein, 11% PEG 8K, 0.100 M SODIUM ACETATE, pH 4.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97924, 0.97156, 0.97947

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月12日
詳細: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCE
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97924	1
2	0.97156	1
3	0.97947	1

Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	% possible obs
14.1	1	73976	0.075	1.013	1.71	100
10.6	2	75368	0.074	0.942	1.69	98.1
14	3	74216	0.075	0.941	1.71	100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.68	50	100	1	0.045	1.178	14
2.92	3.68	100	1	0.058	1.093	14.5
2.55	2.92	100	1	0.065	1.149	14.5
2.32	2.55	100	1	0.083	1.162	14.5
2.15	2.32	100	1	0.096	1.18	14.5
2.03	2.15	100	1	0.104	0.959	14.5
1.93	2.03	100	1	0.13	0.889	14.3
1.84	1.93	100	1	0.172	0.832	14.3
1.77	1.84	100	1	0.214	0.811	13.9
1.71	1.77	100	1	0.252	0.818	12.4
3.64	50	93.3	2	0.042	0.922	11.1
2.89	3.64	96.1	2	0.057	0.995	11.1
2.52	2.89	97.6	2	0.064	1.037	11
2.29	2.52	98.4	2	0.086	1.1	11
2.13	2.29	98.9	2	0.099	1.112	10.8
2	2.13	99.3	2	0.112	0.918	10.8
1.9	2	99.6	2	0.147	0.849	10.8
1.82	1.9	99.8	2	0.191	0.82	10.5
1.75	1.82	99.8	2	0.24	0.817	9.9
1.69	1.75	98.6	2	0.286	0.804	8.9
3.68	50	100	3	0.041	0.916	14
2.92	3.68	100	3	0.057	1.005	14.5
2.55	2.92	100	3	0.066	1.055	14.5
2.32	2.55	100	3	0.088	1.085	14.5
2.15	2.32	100	3	0.102	1.104	14.5
2.03	2.15	100	3	0.116	0.92	14.5
1.93	2.03	100	3	0.149	0.855	14.3
1.84	1.93	100	3	0.201	0.812	14.2
1.77	1.84	100	3	0.259	0.804	13.6
1.71	1.77	99.9	3	0.305	0.803	11.6

反射

解像度: 1.71→48.166 Å / Num. obs: 73976 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 1.013 / Net I/σ(I): 19.995

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible obs: 100 %

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Χ²	% possible all
1.71-1.77	12.4	0.252	5.811	7298	0.818	99.9
1.77-1.84	13.9	0.214		7326	0.811
1.84-1.93	14.3	0.172		7287	0.832
1.93-2.03	14.3	0.13		7327	0.889
2.03-2.15	14.5	0.104		7354	0.959
2.15-2.32	14.5	0.096		7335	1.18
2.32-2.55	14.5	0.083		7379	1.162
2.55-2.92	14.5	0.065		7420	1.149
2.92-3.68	14.5	0.058		7468	1.093
3.68-50	14	0.045		7782	1.178

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD

D res high: 1.8 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.44 / 反射: 63255

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9792	5.02	-4.24
1	3 wavelength	2	0.9795	2.47	-12.87
1	3 wavelength	3	0.9716	2.92	-7.92

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	21.365	0.57	0.092	0.002	0.504
2	Se	39.007	0.624	0.455	0.017	0.54
3	Se	23.177	0.135	0.315	0.997	0.463

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
6.35-20	0.77	3230
4.05-6.35	0.68	5323
3.18-4.05	0.63	6737
2.7-3.18	0.6	7865
2.39-2.7	0.49	8837
2.17-2.39	0.38	9716
1.99-2.17	0.27	10442
1.86-1.99	0.18	11105

Phasing dm

FOM : 0.69 / FOM acentric: 0.69 / FOM centric: 0.7 / 反射: 63255 / Reflection acentric: 57863 / Reflection centric: 5392

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.1-19.991	0.94	0.94	0.91	2891	2252	639
3.2-5.1	0.93	0.93	0.9	8629	7559	1070
2.6-3.2	0.84	0.84	0.77	10682	9705	977
2.3-2.6	0.73	0.74	0.67	10701	9871	830
1.9-2.3	0.61	0.61	0.56	18818	17586	1232
1.8-1.9	0.39	0.39	0.34	11534	10890	644

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.08	位相決定
RESOLVE	2.08	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.712→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 1.419 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: INITIAL MODEL GENERATED BY ARP/WARP, SELENIUM C COEFFICIENT FOR STRUCTURE FACTOR CALCULATION SET TO -9.0000, MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18	3725	5 %	RANDOM
R_work	0.149	-	-	-
all	0.15031	-	-	-
obs	0.15031	70173	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.712→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4092	0	0	741	4833

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.394	1.995	5747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.463	5	519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.567	24.611	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.324	15	707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.11	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3215
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	2956
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	630
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.154	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.22	2	2653
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.059	4	4204
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.42	6	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.931	8	1543

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.712-1.756	0.201	261	0.17	5062	5423	98.156
1.756-1.805	0.22	250	0.154	5000	5250	100
1.805-1.857	0.179	252	0.153	4865	5117	100
1.857-1.914	0.194	250	0.152	4742	4992	100
1.914-1.977	0.184	234	0.151	4580	4814	100
1.977-2.046	0.185	218	0.144	4476	4694	100
2.046-2.123	0.205	241	0.144	4288	4529	100
2.123-2.21	0.174	238	0.148	4124	4362	100
2.21-2.308	0.184	211	0.149	3982	4193	100
2.308-2.42	0.196	211	0.154	3796	4007	100
2.42-2.551	0.201	184	0.16	3621	3805	100
2.551-2.706	0.18	186	0.157	3442	3628	100
2.706-2.892	0.169	161	0.152	3235	3396	100
2.892-3.124	0.171	152	0.149	3032	3184	100
3.124-3.421	0.177	153	0.143	2800	2953	100
3.421-3.824	0.154	144	0.134	2536	2680	100
3.824-4.413	0.126	108	0.122	2284	2392	100
4.413-5.4	0.173	120	0.135	1908	2028	100
5.4-7.616	0.209	84	0.183	1518	1602	100
7.616-72.548	0.209	67	0.186	882	955	99.372

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