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Yorodumi- PDB-1z8k: X-ray structure of allene oxide cyclase from Arabidopsis thaliana... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1z8k | ||||||
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Title | X-ray structure of allene oxide cyclase from Arabidopsis thaliana at3g25770 | ||||||
Components | At3g25770 protein | ||||||
Keywords | ISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / AT3G25770 / Center for Eukaryotic Structural Genomics / jasmonic acid biosynthesis / plant protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information allene-oxide cyclase / allene-oxide cyclase activity / stromule / jasmonic acid biosynthetic process / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / response to cold / chloroplast / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arabidopsis thaliana (thale cress) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.712 Å | ||||||
Authors | Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: X-ray structure of allene oxide cyclase from Arabidopsis thaliana at3g25770 Authors: Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1z8k.cif.gz | 127.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1z8k.ent.gz | 102.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1z8k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1z8k_validation.pdf.gz | 433.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1z8k_full_validation.pdf.gz | 434.7 KB | Display | |
Data in XML | 1z8k_validation.xml.gz | 28 KB | Display | |
Data in CIF | 1z8k_validation.cif.gz | 43.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z8k | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21299.947 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arabidopsis thaliana (thale cress) / Gene: AT3G25770 / Plasmid: PVP-27 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834 P(RARE2) / References: UniProt: Q9LS02, allene-oxide cyclase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 10 mg/ml protein, 11% PEG 8K, 0.100 M SODIUM ACETATE, pH 4.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.97924, 0.97156, 0.97947 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 12, 2005 Details: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCE / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | D res low: 50 Å
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.71→48.166 Å / Num. obs: 73976 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 19.995 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / % possible obs: 100 %
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-Phasing
Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD | D res high: 1.8 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.44 / Reflection: 63255 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0.69 / FOM acentric: 0.69 / FOM centric: 0.7 / Reflection: 63255 / Reflection acentric: 57863 / Reflection centric: 5392 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.712→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.419 / SU ML: 0.048 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.083 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: INITIAL MODEL GENERATED BY ARP/WARP, SELENIUM C COEFFICIENT FOR STRUCTURE FACTOR CALCULATION SET TO -9.0000, MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.97 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.712→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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