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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z86 | ||||||
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タイトル | Solution structure of the PDZ domain of alpha-syntrophin | ||||||
要素 | Alpha-1-syntrophin | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / two alpha helix / six beta strands | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of vasoconstriction by circulating norepinephrine / negative regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / dystrophin-associated glycoprotein complex / regulation of sodium ion transmembrane transport / ventricular cardiac muscle cell action potential / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / anchoring junction / neuromuscular junction development / nitric-oxide synthase binding / sodium channel regulator activity ...regulation of vasoconstriction by circulating norepinephrine / negative regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / dystrophin-associated glycoprotein complex / regulation of sodium ion transmembrane transport / ventricular cardiac muscle cell action potential / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / anchoring junction / neuromuscular junction development / nitric-oxide synthase binding / sodium channel regulator activity / regulation of heart rate / PDZ domain binding / 筋鞘 / neuromuscular junction / actin binding / ATPase binding / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / 細胞骨格 / calmodulin binding / structural molecule activity / protein-containing complex / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Yan, J. / Xu, W. / Wen, W. / Long, J.F. / Adams, M.E. / Froehner, S.C. / Zhang, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2005 タイトル: Structure of the split PH domain and distinct lipid-binding properties of the PH-PDZ supramodule of alpha-syntrophin 著者: Yan, J. / Wen, W. / Xu, W. / Long, J.F. / Adams, M.E. / Froehner, S.C. / Zhang, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z86.cif.gz | 525.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z86.ent.gz | 439.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z86.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z86 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z86 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9384.882 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET32a(modified version) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q61234 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 | pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz |
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-解析
NMR software | 名称: CNS / バージョン: 1.1 / 開発者: Bruger, A.T. / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |