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万見
- PDB-1z82: Crystal structure of glycerol-3-phosphate dehydrogenase (TM0378) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z82
タイトルCrystal structure of glycerol-3-phosphate dehydrogenase (TM0378) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.00 A resolution
要素glycerol-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TM0378 / glycerol-3-phosphate dehydrogenase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] / glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glycerol-3-phosphate biosynthetic process / glycerol-3-phosphate catabolic process / glycerophospholipid metabolic process / phospholipid biosynthetic process / NAD binding / carbohydrate metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, C-terminal / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, N-terminal / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase C-terminus / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, C-terminal / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, N-terminal / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase C-terminus / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / Chem-NDP / : / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+]
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of glycerol-3-phosphate dehydrogenase (TM0378) from Thermotoga maritima at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycerol-3-phosphate dehydrogenase
B: glycerol-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,04314
ポリマ－76,2652
非ポリマー2,77812
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9000 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area22730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.090, 67.451, 75.597
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 3 - 313 / Label seq-ID: 15 - 325

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 glycerol-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 38132.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM0378 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: GenBank: 15644628, UniProt: A0A0F6AK91*PLUS, glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+)

-
非ポリマー , 6種, 335分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-G3H / GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE / D-グリセルアルデヒド3-りん酸


分子量: 170.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P
#4: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-G3P / SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.04 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 8
詳細: 0.2M MgCl2, 35.0% MPD, 0.1M Imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.891940,0.979245
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月27日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.891941
20.9792451
反射解像度: 2→29.81 Å / Num. obs: 40008 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym valueDiffraction-ID
2-2.0598.53.51.329460.5581
2.05-2.1198.53.61.928990.4061
2.11-2.1798.63.62.427970.3111
2.17-2.2498.63.63.127150.2481
2.24-2.3198.73.53.226220.2351
2.31-2.3998.53.5425420.191
2.39-2.4898.63.54.624620.1671
2.48-2.5898.33.5523700.1511
2.58-2.798.33.55.922760.1231
2.7-2.8398.93.56.921780.1051
2.83-2.9898.43.58.420560.0841
2.98-3.1698.23.58.419570.0781
3.16-3.3898.13.410.518480.0591
3.38-3.6596.53.412.416770.0491
3.65-497.13.214.115550.0431
4-4.4796.43.415.314010.0381
4.47-5.1699.83.611.212900.0491
5.16-6.3299.93.69.910880.0571
6.32-8.9499.83.516.98520.0361
8.94-29.8196.43.319.14770.0341

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→29.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 9.364 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.162
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 2024 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
all0.168 ---
obs0.16824 37984 98.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.469 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.37 Å20 Å20.87 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3----2.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4812 0 180 323 5315
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0225095
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6212.0096908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.032311187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5365622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8823.561205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.17115885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5571538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21051
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.25111
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.22538
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.23168
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2330.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0521.53360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2091.51280
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28424992
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34632179
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4414.51916
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4660 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.425
LOOSE THERMAL1.4710
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 163 -
Rwork0.249 2780 -
obs--98.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8413-0.4911-0.67512.4764-0.33863.05040.16530.03860.0656-0.3558-0.065-0.183-0.25270.2278-0.1003-0.1303-0.03470.0337-0.1701-0.0527-0.157436.286931.655217.4348
21.678-0.1753-0.17241.7943-0.66233.92520.0813-0.20430.05490.2259-0.0476-0.0026-0.22380.287-0.0337-0.1693-0.07860.0117-0.1384-0.0619-0.158227.892830.756252.9347
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA2 - 31314 - 325
22BB3 - 31415 - 326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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