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- PDB-1rio: Structure of bacteriophage lambda cI-NTD in complex with sigma-re... -
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Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1rio | ||||||
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Title | Structure of bacteriophage lambda cI-NTD in complex with sigma-region4 of Thermus aquaticus bound to DNA | ||||||
![]() |
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![]() | transcription/DNA / HELIX-TURN-HELIX / TRANSCRIPTION ACTIVATION / transcription-DNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() maintenance of viral latency / latency-replication decision / positive regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / sigma factor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jain, D. / Nickels, B.E. / Sun, L. / Hochschild, A. / Darst, S.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of a ternary transcription activation complex. Authors: Jain, D. / Nickels, B.E. / Sun, L. / Hochschild, A. / Darst, S.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 94.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 74.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 474.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 498.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules UT
#1: DNA chain | Mass: 8293.334 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: chemically synthesized |
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#2: DNA chain | Mass: 8302.348 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: chemically synthesized |
-Protein , 2 types, 3 molecules HAB
#3: Protein | Mass: 8719.089 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Sigma region 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#4: Protein | Mass: 11150.298 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: cI-N-terminus domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 178 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-CA / |
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#6: Chemical | ChemComp-MPD / ( |
#7: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.28 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 295 K / pH: 4.6 Details: MPD, Sodium Acetate, calcium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 4.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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Crystal grow | *PLUS Temperature: 22 ℃ / pH: 7.5 / Method: vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
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Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Oct 15, 2002 | |||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI 111 / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.25→30 Å / Num. obs: 22889 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Lowest resolution: 30 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.315 / Rfactor Rwork: 0.258 |