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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z7q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the 20s proteasome from yeast in complex with the proteasome activator PA26 from Trypanosome brucei at 3.2 angstroms resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE ACTIVATOR / 20S / proteasome / PA26 / activator / multi-catalytic protease / HYDROLASE-HYDROLASE ACTIVATOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome activator complex / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 ...proteasome activator complex / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / regulation of proteasomal protein catabolic process / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / proteolysis / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.22 Å | ||||||
データ登録者 | Forster, A. / Whitby, F.G. / Hill, C.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005 タイトル: The 1.9 A structure of a proteasome-11S activator complex and implications for proteasome-PAN/PA700 interactions. 著者: Forster, A. / Masters, E.I. / Whitby, F.G. / Robinson, H. / Hill, C.P. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Residue (i GLY 1172) and Residue (i GLY 1173) are not linked. Distance of C-N bond is 1.91. ...SEQUENCE Residue (i GLY 1172) and Residue (i GLY 1173) are not linked. Distance of C-N bond is 1.91. Residue (p GLY 1172) and Residue (p GLY 1173) are not linked. Distance of C-N bond is 1.91. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z7q.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z7q.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z7q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1z7q_validation.pdf.gz | 727.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1z7q_full_validation.pdf.gz | 861.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1z7q_validation.xml.gz | 291 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1z7q_validation.cif.gz | 399 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/1z7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z7/1z7q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | 1 complete, 28-subunit 20S proteasome is found in the asymmetric unit / 2 complete, 7-subunit PA26 compllexes are found in the asymmetric unit |
-要素
-Proteasome component ... , 13種, 26分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZNb
#1: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #4: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #6: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #7: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex #8: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 23353.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #14: タンパク質 | 分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex |
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-タンパク質 , 2種, 16分子 Macdefghijklmnop
#13: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #15: タンパク質 | 分子量: 25228.734 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U8G2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.04 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M NaHEPES, 40% MPD, 0.2 M NACL, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月15日 |
放射 | モノクロメーター: SSRL beamline 9-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 189615 / Num. obs: 189615 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 0.0629 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: one-half of the yeast 20S proteasome (Huber, et al., high-resolution structure), pdb entry 1RYP 解像度: 3.22→39.8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.22→39.8 Å
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