ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | CBASS | | データ収集 | SCALEPACK | | データスケーリング | CNS | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.28→20.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 450767.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: dna-rna_ums.par
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2 | 581 | 11 % | RANDOM |
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Rwork | 0.177 | - | - | - |
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all | 0.182 | 5901 | - | - |
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obs | 0.177 | 5275 | 89.3 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.2222 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.7 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.7 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -1.41 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.15 Å | 0.13 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.1 Å | 0.11 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.28→20.81 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 162 | 3 | 44 | 209 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.012 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.8 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d33.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d2.07 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.23 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.5 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.28 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it1.92 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.28→1.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.231 | 81 | 12.8 % |
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Rwork | 0.237 | 552 | - |
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obs | - | - | 66.6 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAMDNA-RNA.TOP | X-RAY DIFFRACTION | 3 | ION.PARAMWATER.TOPX-RAY DIFFRACTION | 4 | DNA-RNA_UMS.PAR | ION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 5 | CAC.PARUMS.TOP | | | | | | | |
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