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万見
- PDB-1z77: Crystal structure of transcriptional regulator protein from Therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z77
タイトルCrystal structure of transcriptional regulator protein from Thermotoga maritima.
要素transcriptional regulator (TetR family)
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional regulator / TetR family / structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...: / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, TetR family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD/SAD / 解像度: 2 Å
データ登録者Koclega, K.D. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Cymborowski, M. / Kudritska, M. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of a transcriptional regulator TM1030 from Thermotoga maritima solved by an unusual MAD experiment.
著者: Koclega, K.D. / Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Cymborowski, M. / Evdokimova, E. / Minor, W.
履歴
登録2005年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月9日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年11月7日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.52022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL MOLECULE IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: transcriptional regulator (TetR family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3383
ポリマ－24,2141
非ポリマー1242
水64936
1
A: transcriptional regulator (TetR family)
ヘテロ分子

A: transcriptional regulator (TetR family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6766
ポリマ－48,4282
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area20030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.043, 65.684, 55.694
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 transcriptional regulator (TetR family)


分子量: 24213.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9X0C0
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.05M Na citrate, 30% w/v PEG 2K MME, 0.1M KSCN, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.91932
シンクロトロンAPS 19-BM20.97932
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年2月11日
SBC-32CCD2005年2月10日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SI 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.919321
20.979321
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 15569 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 24.84
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1531 / Rsym value: 0.471 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: SAD/SAD / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26671 715 5 %RANDOM
Rwork0.22944 ---
all0.23129 14438 --
obs0.23129 13472 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.765 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.29 Å20 Å20 Å2
2--1.53 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1596 0 8 36 1640
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.972192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1535199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.92124.53375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89215298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.246157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21179
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4541.51045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.88821584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6313703
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9164.5608
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 61 -
Rwork0.23 996 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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