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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z70 | |||||||||
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タイトル | 1.15A resolution structure of the formylglycine generating enzyme FGE | |||||||||
![]() | C-alpha-formyglycine-generating enzyme | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Formylglycine / multiple sulfatase deficiency / cysteine sulfenic acid | |||||||||
機能・相同性 | ![]() The activation of arylsulfatases / formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / glycosphingolipid catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / cupric ion binding / post-translational protein modification / oxidoreductase activity / endoplasmic reticulum lumen ...The activation of arylsulfatases / formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / glycosphingolipid catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / cupric ion binding / post-translational protein modification / oxidoreductase activity / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Rudolph, M.G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: De novo calcium/sulfur SAD phasing of the human formylglycine-generating enzyme using in-house data. 著者: Roeser, D. / Dickmanns, A. / Gasow, K. / Rudolph, M.G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 773 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 776.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1y1eS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 X
#1: タンパク質 | 分子量: 35004.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 4種, 550分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CXS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CXS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-CXS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→41.2 Å / Num. obs: 93768 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 23.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.17 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 4230 / Rsym value: 0.129 / % possible all: 80.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1Y1E 解像度: 1.15→41.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Residue 1174 did not show interpretable side-chain density.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.545 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→41.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
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