PDB-1z4h: The response regulator TorI belongs to a new family of atypical e...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z4h

タイトル

The response regulator TorI belongs to a new family of atypical excisionase

要素

Tor inhibition protein

キーワード

PROTEIN BINDING / DNA BINDING PROTEIN / winged helix / reverse turn

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of DNA-templated transcription initiation / provirus excision / DNA recombination / sequence-specific DNA binding / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / non-bonded interaction for simulated annealing, refinement in an explicit water box.

データ登録者

Elantak, L. / Ansaldi, M. / Guerlesquin, F. / Mejean, V. / Morelli, X.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural and genetic analyses reveal a key role in prophage excision for the TorI response regulator inhibitor
著者: Elantak, L. / Ansaldi, M. / Guerlesquin, F. / Mejean, V. / Morelli, X.

履歴

登録	2005年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z4h.cif.gz	400.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z4h.ent.gz	337.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z4h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/1z4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/1z4h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ewt-d 6neb-d 4qqg-3 3nil-4 6d07-1 4z88-7 4z88-11 2jng-d 6haj-1 2rk2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tor inhibition protein

7.69 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	17 / 100	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Tor inhibition protein / TorI 分子量: 7692.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pETsI / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AZ38, UniProt: Q2EES9*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	3	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D HNCO
1	3	1	3D HNCA
1	4	1	CBCA(CO)NH
1	5	1	HN(CO)CA
1	6	4	(H)CCH-TOCSY
1	7	2	2D NOESY
1	8	2	2D TOCSY
1	9	4	3D 13C-separated NOESY
1	10	3	HNHA

NMR実験の詳細

Text: Structure calculations were performed with ARIA 1.2 using noe's, phi angle dihedral restraints estimated from 3JHNHa and TALOS-derived dihedral angle constraints.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1.5mM TorI U-15N,13C, 50mM phosphate buffer, 90% H20, 10% D20	90% H20, 10%D2O
2	1.5mM TorI unlabelled, 50mM phosphate buffer, 90% H20, 10% D20	90% H20, 10% D20
3	1.5mM TorI U-15N, 50mM phosphate buffer, 90% H20, 10% D20	90% H20, 10% D20
4	1.5mM TorI U-13C, 50mM phosphate buffer, 90% H20, 10% D20	90% H20, 10% D20

試料状態

pH: 5.9 / 圧: ambient / 温度: 278 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.1	Bruker	解析
Felix	2002	Accelrys	データ解析
CNS	ARIA 1.2	Brunger/Nilges	構造決定
CNS	ARIA 1.2		精密化

精密化

手法: non-bonded interaction for simulated annealing, refinement in an explicit water box.
ソフトェア番号: 1
詳細: 1341 restraints: 1173 distance restraints + 68 dihedral angle constraints from TALOS + 100 dihedral angle constraints from CSI and 3JHNHa.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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