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万見
- PDB-1z47: Structure of the ATPase subunit CysA of the putative sulfate ATP-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z47
タイトルStructure of the ATPase subunit CysA of the putative sulfate ATP-binding cassette (ABC) transporter from Alicyclobacillus acidocaldarius
要素putative ABC-transporter ATP-binding protein
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN / alpha/beta motif / beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type sulfate transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #300 / Sulphate transport system permease protein 1 / CysA, C-terminal regulatory domain / CysA C-terminal regulatory domain / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / Nucleic acid-binding proteins / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #300 / Sulphate transport system permease protein 1 / CysA, C-terminal regulatory domain / CysA C-terminal regulatory domain / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / Nucleic acid-binding proteins / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative ABC-transporter ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Scheffel, F. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Huelsmann, A. / Schneider, E. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2005
タイトル: Structure of the ATPase subunit CysA of the putative sulfate ATP-binding cassette (ABC) transporter from Alicyclobacillus acidocaldarius
著者: Scheffel, F. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Schneider, E. / Ermler, U.
履歴
登録2005年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 350 GENERATING THE BIOMOLECULE COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY ... GENERATING THE BIOMOLECULE COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. BIOMOLECULE: 1 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: B BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMT1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 CHAIN A DOES NOT FORM THE BIOLOGICAL DIMER IN THE CRYSTAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative ABC-transporter ATP-binding protein
B: putative ABC-transporter ATP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2244
ポリマ－80,1532
非ポリマー712
水5,873326
1
B: putative ABC-transporter ATP-binding protein
ヘテロ分子

B: putative ABC-transporter ATP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2244
ポリマ－80,1532
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
2
A: putative ABC-transporter ATP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1122
ポリマ－40,0771
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.810, 56.310, 91.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.72, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
詳細Chain B forms the biological dimer. The second part of the biological assembly is generated by the twofold axis: -x, y, -z

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要素

#1: タンパク質 putative ABC-transporter ATP-binding protein / CysA


分子量: 40076.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
遺伝子: cysA / プラスミド: pFSA13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q9RHZ7
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 4000, iospropanol, sodiumcitrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 58181 / Num. obs: 58181 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 4300 / Rsym value: 0.155 / % possible all: 69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1862029.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 2944 5.1 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all0.23 58076 --
obs0.2251 58076 92.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.7628 Å2 / ksol: 0.384249 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.55 Å20 Å2-7.48 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----4.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5450 0 2 326 5778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 421 5.4 %
Rwork0.274 7366 -
obs-7363 75.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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