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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z3q | ||||||
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タイトル | Resolution of the structure of the allergenic and antifungal banana fruit thaumatin-like protein at 1.7A | ||||||
要素 | Thaumatin-like Protein | ||||||
キーワード | ANTIFUNGAL PROTEIN / beta sandwich | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ソーマチン / ソーマチン / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / サンドイッチ / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Musa acuminata (マレーヤマバショウ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Leone, P. / Menu-Bouaouiche, L. / Peumans, W.J. / Barre, A. / Payan, F. / Roussel, A. / Van Damme, E.J.M. / Rouge, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochimie / 年: 2006 タイトル: Resolution of the structure of the allergenic and antifungal banana fruit thaumatin-like protein at 1.7-A 著者: Leone, P. / Menu-Bouaouiche, L. / Peumans, W.J. / Payan, F. / Barre, A. / Roussel, A. / Van Damme, E.J.M. / Rouge, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z3q.cif.gz | 55.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z3q.ent.gz | 39.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z3q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/1z3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/1z3q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1thvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21245.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Musa acuminata (マレーヤマバショウ) 組織: pulp / 参照: UniProt: O22322 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, Ammonium Sulfate, Sodium Acatate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→42.2 Å / Num. all: 20728 / Num. obs: 20095 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 15.31 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique all: 1920 / Rsym value: 0.131 / % possible all: 94.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1THV 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.547 / SU ML: 0.053 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.877 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20 /
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