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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z3m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mutant Ribonuclease S (F8Nva) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / RNase S mutant (F8Nva) / S-Peptide / S-Protein / Cavity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Das, M. / Vasudeva Rao, B. / Ghosh, S. / Varadarajan, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Attempts to delineate the relative contributions of changes in hydrophobicity and packing to changes in stability of ribonuclease S mutants. 著者: Das, M. / Rao, B.V. / Ghosh, S. / Varadarajan, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z3m.cif.gz | 38.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z3m.ent.gz | 25.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z3m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1z3m_validation.pdf.gz | 449.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1z3m_full_validation.pdf.gz | 451.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1z3m_validation.xml.gz | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1z3m_validation.cif.gz | 9.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/1z3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/1z3m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1686.863 Da / 分子数: 1 / 変異: F8NVA, M13NLE / 由来タイプ: 合成 詳細: S-Peptide synthesized by solid phase peptide synthesis 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 11555.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch method / pH: 5.75 詳細: ammonium sulfate, cesium chloride, sodium acetate, pH 5.75, Batch method, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 8033 / Num. obs: 7993 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 26.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.203 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Pdb Entry 2RLN 解像度: 2→14.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 973406.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.1375 Å2 / ksol: 0.375282 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→14.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 7
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Xplor file |
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