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万見
- PDB-1z3e: Crystal Structure of Spx in Complex with the C-terminal Domain of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z3e
タイトルCrystal Structure of Spx in Complex with the C-terminal Domain of the RNA Polymerase Alpha Subunit
要素
  • DNA-directed RNA polymerase alpha chain
  • Regulatory protein spx
キーワードTRANSCRIPTION / bacterial transcription regulation / disulfide stress
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription ...DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Global transcriptional regulator Spx / Transcriptional regulator Spx/MgsR / Arsenate reductase-like / ArsC family / ArsC family profile. / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain ...Global transcriptional regulator Spx / Transcriptional regulator Spx/MgsR / Arsenate reductase-like / ArsC family / ArsC family profile. / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Glutaredoxin / Glutaredoxin / DNA polymerase; domain 1 / Thioredoxin-like superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Global transcriptional regulator Spx / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Newberry, K.J. / Nakano, S. / Zuber, P. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the Bacillus subtilis anti-alpha, global transcriptional regulator, Spx, in complex with the {alpha} C-terminal domain of RNA polymerase
著者: Newberry, K.J. / Nakano, S. / Zuber, P. / Brennan, R.G.
履歴
登録2005年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein spx
B: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4566
ポリマ－24,0722
非ポリマー3844
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.440, 96.440, 57.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein spx


分子量: 15690.040 Da / 分子数: 1 / 断片: transcription regulator / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: spxA / プラスミド: pSN17 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O31602
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase alpha chain / RNAP alpha subunit / Transcriptase alpha chain / RNA polymerase alpha subunit


分子量: 8381.699 Da / 分子数: 1 / 断片: c-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: rpoA / プラスミド: pSN106 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P20429, DNA-directed RNA polymerase
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: lithium sulfate, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 273K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.111.00003
シンクロトロンALS 8.2.120.9794, 0.9796, 0.9952
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal SiSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal SiMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.000031
20.97941
30.97961
40.99521
反射解像度: 1.5→33.71 Å / Num. all: 31461 / Num. obs: 31461 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. measured obs: 4550 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 3108 9.8 %random
Rwork0.196 ---
all0.196 31689 --
obs0.196 31435 99.2 %-
溶媒の処理Bsol: 52.035 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 17.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.132 Å2-1.107 Å20 Å2
2---1.132 Å20 Å2
3---2.265 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1509 0 20 143 1672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal targetWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.2720
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.12901.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.29402
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.7502
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.7902.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.55 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 295 -
Rwork0.2547 --
obs-2820 99.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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