PDB-1z2k: NMR structure of the D1 domain of the Natural Killer Cell Recepto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z2k

タイトル

NMR structure of the D1 domain of the Natural Killer Cell Receptor, 2B4

要素

Natural killer cell receptor 2B4

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin motif / beta sandwich / V-domain / Natural Killer Cell Receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of granzyme B production / natural killer cell activation involved in immune response / myeloid dendritic cell activation / Cell surface interactions at the vascular wall / natural killer cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of natural killer cell proliferation / MHC class I protein binding / positive regulation of interleukin-8 production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

データ登録者

Ames, J.B. / Vyas, V. / Lusin, J.D. / Mariuzza, R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: NMR Structure of the Natural Killer Cell Receptor 2B4: Implications for Ligand Recognition
著者: Ames, J.B. / Vyas, V. / Lusin, J.D. / Mariuzza, R.

履歴

登録	2005年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z2k.cif.gz	467.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z2k.ent.gz	385.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z2k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/1z2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/1z2k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5i7y-d 2vjz-d 6ck2-d 6k04-d 4f0n-d 4uiw-d 4uyh-3 6vda-d 4wwr-3 2chh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Natural killer cell receptor 2B4

12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	14 / 25	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #7	closest to the average

#1: タンパク質	Natural killer cell receptor 2B4 / NKR2B4 / NK cell type I receptor protein 2B4 / CD244 antigen / Non MHC restricted killing associated 分子量: 12210.551 Da / 分子数: 1 / 断片: D1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd244, 2b4, Nmrk / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07763
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

Natural killer cell receptor 2B4 / NKR2B4 / NK cell type I receptor protein 2B4 / CD244 antigen / Non MHC restricted killing associated

分子量: 12210.551 Da / 分子数: 1 / 断片: D1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd244, 2b4, Nmrk / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07763

Has protein modification

Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	2D NOESY

NMR実験の詳細

Text: The structure was determinded using standard 2D homonuclear NOESY and 3D heteronuclear techniques

-
試料調製

詳細	内容: 0.5mM 2B4 D1 domain, U-15N,13C; 50 mM phosphate buffer; pH 7.2; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: aqueous solution at 298 degrees Kelvin
試料状態	イオン強度: 50 mM sodium phosphate / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	Brunger	構造決定
XwinNMR	2.5	Bruker	collection
X-PLOR	3.1	Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 2657 restraints, 2359 are NOE-derived distance constraints, 128 dihedral angle restraints, 170 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 14

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)